140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_R0093 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_R0093  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4158  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0047  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0017  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309295  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.339192 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0057  tRNA-Pro  93.48 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00062  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0002  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3912  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.303473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3956  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0473584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3834  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0179595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4915  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4016  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0300292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4705  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5079  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3847  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.779981  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0002  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3866  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0025    91.3 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.717404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0024  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3787  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3790  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.336069  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4650  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.253318  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4652  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0301186  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t024  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t097  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t098  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0017  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061005  normal  0.238616 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0021  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000217303  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0022  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00039101  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0087  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000223342  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0018  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.452658 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0022  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0023  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000214609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0117  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000471019  normal  0.0136219 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0117  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000010533  normal  0.0493795 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0134  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000115424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0135  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000102707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0020  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.306901  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0021  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.29162  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0022  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.281801  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0087  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000686705  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0022  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00394486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0023  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0114  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000342233  normal  0.573602 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0046  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000279997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0123  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000571932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0124  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000273434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0027  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0122  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00712397  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0123  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0167093  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0016  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000188121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0017  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000587442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0089  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000343709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0026  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000193021  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0116  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.145812  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0117  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.196066  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0012  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0290089 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0038  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000899293  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0130  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0131  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0046  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000453767  hitchhiker  0.0000828502 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0142  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00432211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0143  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00160739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0027  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00246876  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0028  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00514358  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0144  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000613621  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0048  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000100606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0141  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.122826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0142  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.130336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0016  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0017  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0103  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000727228  decreased coverage  0.000000214334 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0004  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.14749  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0044  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t001  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0033  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.216286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t107  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0097  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.158212 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0098  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.266439  normal  0.536301 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0118  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0573912  normal  0.387892 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t098  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000663033  normal  0.0932756 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0015  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0316324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0034  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.199678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0033  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00710383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0016  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna31  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184408  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0035  tRNA-Pro  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0039  tRNA-Pro  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.500451  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0030  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000286797 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0096  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.859581  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0029  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0677736  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0071  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000628165  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0032  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00831776  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0029  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.396369  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0026  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0096  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0030  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.237944  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0023  tRNA-Val  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309195  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0101473 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>