297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_R0050 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_R0050  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  96.72 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  95.08 
 
 		 74 bp  97.6  3e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25920  tRNA-Pro  96.36 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0010  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.152064  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0043  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.417054  normal  0.645592 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0058  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0009  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0060  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04840  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.51586 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0016  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0007  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.929508 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0012  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0096  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.859581  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0014  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0856304  normal  0.963089 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0050  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0026  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0004  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000393504  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0051  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0094  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0096  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00062  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0002  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5079  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4705  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3834  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0179595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3866  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0002  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0041  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0248017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3912  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.303473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3847  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.779981  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3956  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0473584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4915  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4016  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0300292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0005  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240002  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03900  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.319325  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0006  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t47  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.704703  normal  0.180848 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0064  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.713183  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0039  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0029  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0063  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.305975  normal  0.0658798 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2126  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0067  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.750062  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0049  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.241293 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60110  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36270  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.973598 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0030  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.640007  normal  0.447016 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0001  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0207392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0057  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.434776 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24870  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0037  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0066  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0034  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0065  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.226717 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0044  tRNA-Pro  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00846239  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0007  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.73016 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0052  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00000162603  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4158  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0073  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0075  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0011  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14040  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0988532 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0006  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2898  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 79 bp  60  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.685714  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0032  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0061  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.273453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0038  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.714758  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0050  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.134805  hitchhiker  0.00793111 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0029  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0012  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.488167  normal  0.183255 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0057  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0052  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0029  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309277  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.203232 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0025  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.102908  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>