297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_R0026 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_R0026  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0039  tRNA-Pro  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0065  tRNA-Pro  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.226717 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0057  tRNA-Pro  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.434776 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t47  tRNA-Pro  95.95 
 
 
74 bp  123  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.704703  normal  0.180848 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2126  tRNA-Pro  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24870  tRNA-Pro  94.59 
 
 
74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60110  tRNA-Pro  94.59 
 
 
74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25920  tRNA-Pro  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0009  tRNA-Pro  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  89.19 
 
 
74 bp  83.8  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0010  tRNA-Pro  93.1 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.152064  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  89.04 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26300  tRNA-Pro  89.04 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  89.04 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  89.04 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0094  tRNA-Pro  90.48 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04840  tRNA-Pro  90.48 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.51586 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0007  tRNA-Pro  90.48 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.929508 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0012  tRNA-Pro  90.48 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0058  tRNA-Pro  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0014  tRNA-Pro  90.32 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0856304  normal  0.963089 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0029  tRNA-Pro  90.32 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0050  tRNA-Pro  91.38 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0060  tRNA-Pro  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03900  tRNA-Pro  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.319325  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0007  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000164382  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  87.01 
 
 
79 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0008  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00816895  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  87.01 
 
 
79 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0047  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000442161  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0005  tRNA-Pro  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240002  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  87.67 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  90 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  87.32 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24400  tRNA-Pro  88.89 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.608929  normal  0.879879 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0037  tRNA-Pro  87.32 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.217744 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0040  tRNA-Pro  88.71 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0050  tRNA-Pro  88.71 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0051  tRNA-Pro  88.71 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309277  tRNA-Pro  88.71 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.203232 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  87.88 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0067  tRNA-Pro  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.750062  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0001  tRNA-Pro  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0207392  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0063  tRNA-Pro  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.305975  normal  0.0658798 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0037  tRNA-Pro  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201404  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0066  tRNA-Pro  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0049  tRNA-Pro  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.241293 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0064  tRNA-Pro  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.713183  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0001  tRNA-Pro  88.52 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.170167  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  86.3 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0048  tRNA-Pro  86.76 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.281731  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4129  tRNA-Pro  85.92 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.17442  normal  0.148505 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00070  tRNA-Pro  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000213346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0104  tRNA-Pro  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000101126  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4202  tRNA-Pro  85.92 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.22322e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4295  tRNA-Pro  85.92 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0528  tRNA-Pro  85.92 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000899305  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0045  tRNA-Pro  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0152131  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0094  tRNA-Pro  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000259411  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0047  tRNA-Pro  91.49 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0061  tRNA-Pro  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.273453  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4322  tRNA-Pro  85.92 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000374213  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4160  tRNA-Pro  85.92 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214401  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5090  tRNA-Pro  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000428942  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0004  tRNA-Pro  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.170858  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4713  tRNA-Pro  85.92 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.43285e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0062  tRNA-Pro  91.49 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000001951  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0010  tRNA-Pro  88.14 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0099  tRNA-Pro  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0002  tRNA-Pro  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0110992  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0054  tRNA-Pro  88.14 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.190136  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4145  tRNA-Pro  85.92 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000725201  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4263  tRNA-Pro  85.92 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000112218  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4160  tRNA-Pro  85.92 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011069  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0086  tRNA-Pro  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0002  tRNA-Pro  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.236408  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0006  tRNA-Pro  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000337222  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0047  tRNA-Pro  91.49 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0002  tRNA-Pro  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0057  tRNA-Pro  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0007  tRNA-Pro  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0101042 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0052  tRNA-Pro  88.14 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330689  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0012  tRNA-Pro  87.3 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.488167  normal  0.183255 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0121  tRNA-Pro  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000547539  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0011  tRNA-Pro  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000391408  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0063  tRNA-Pro  91.49 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171942  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0088  tRNA-Pro  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4214  tRNA-Pro  85.92 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000749562  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4164  tRNA-Pro  85.92 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231631  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5235  tRNA-Pro  85.92 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000789982  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0050  tRNA-Pro  88.14 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.134805  hitchhiker  0.00793111 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>