More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_R0041 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0311688  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_667  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0198942  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0042  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0194  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.56004  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03937  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0042  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0011  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1528  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.359619  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1901  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1722  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181858  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0028  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.243939  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2581  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0434845  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1745  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.666624  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0024  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0049  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.046513  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0016  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.617761  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0027  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192798  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0044  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115287  normal  0.132684 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0042  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0040  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.310253  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0032  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.869887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0053  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.763389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0972  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0531228  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0050  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  0.906825 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0021  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0011  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.192635  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0033  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0050  tRNA-Pro  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0001  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0008  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0152664  normal  0.709195 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0029  tRNA-Pro  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0043  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.411383 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0002  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0010  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000124402  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.043428  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0022  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000263342  normal  0.454307 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0003  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.769558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0056  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  90.62 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0033  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.614973  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0042  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.716444  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0056  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.715456  normal  0.81728 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0041  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0248017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0010  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.583908 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19810  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0009  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.565399  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0009  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.687606  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0008  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0009  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt38  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt38  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0026  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0027  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0060  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0545385 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0049  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106855  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00037  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.246516  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0038  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0155494  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0056  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000765486  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4677  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.36506  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0050  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.891288  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0045  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5045  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.149336  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0013  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000629989  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15480  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.837894  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0699  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.157721  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2423  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.176218 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0042  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2466  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0126419  hitchhiker  0.000665402 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2468  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.135658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2378  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0594589  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2580  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0698829 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3328  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.778001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2339  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0754513  normal  0.044439 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0043  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.322484  normal  0.667641 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0041  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0047  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>