196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_R0033 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_R0033  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0021  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0032  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.869887  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03937  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0011  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1901  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0011  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.192635  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0053  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.763389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2581  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0434845  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0042  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0049  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.046513  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0016  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.617761  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0027  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192798  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0042  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0040  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.310253  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0044  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115287  normal  0.132684 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1528  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.359619  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0024  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0194  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.56004  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1722  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181858  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1745  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.666624  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0972  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0531228  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0028  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.243939  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0042  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0050  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  0.906825 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0311688  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_667  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0198942  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0008  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.382627 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0029  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  90.62 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0009  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0009  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.565399  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0009  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.687606  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0008  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt38  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt38  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0049  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106855  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0060  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0545385 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0010  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000124402  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0043  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.417054  normal  0.645592 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0002  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0050  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0050  tRNA-Pro  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000408942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0056  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0001  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0044  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0008  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0152664  normal  0.709195 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0024  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0016  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000335758  normal  0.0133368 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0033  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.614973  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0056  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.715456  normal  0.81728 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0023  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60200  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2141  hypothetical protein  97.06 
 
 		 156 bp  60  0.00000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0067  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.912761 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2512  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28740  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000230263  hitchhiker  0.00000000587474 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0044  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.408268  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0046  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243465 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0043  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.411383 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0389  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0014  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.63357  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0027  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0028  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0254215  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4677  tRNA-Pro  84.72 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.36506  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5045  tRNA-Pro  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.149336  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0025    96.88 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.717404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2378  tRNA-Pro  84.72 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0594589  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2423  tRNA-Pro  84.72 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.176218 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0026  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122397  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0024  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0006  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2580  tRNA-Pro  84.72 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0698829 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2468  tRNA-Pro  84.72 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.135658  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0015  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0057  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2466  tRNA-Pro  84.72 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0126419  hitchhiker  0.000665402 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>