226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_R0042 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_R0042  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.716444  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0010  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.583908 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0069  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0050  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0002  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0043  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0170855  normal  0.349798 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0311688  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0030  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000286797 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0026  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0032  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00831776  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_667  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0198942  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0029  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0677736  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0005  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0026  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122397  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0042  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.888445  hitchhiker  0.00955476 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0015  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0029  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.396369  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0029  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0033  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0127395 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0044  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt38  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt38  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0049  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106855  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0032  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.601376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0032  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19810  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15160  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00584084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0024  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0559967  normal  0.0473979 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0003  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.769558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06390  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.284201  normal  0.0452079 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0035  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0039  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.500451  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0011  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.192635  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0053  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00100217  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0024  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.253292  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0026  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.422663  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0010  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000124402  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23920  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.106953  normal  0.110319 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0021  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0018  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0018  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.12762 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0043  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.390511  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0037  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.146864 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60200  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0028  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0058  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.387879  normal  0.0550835 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0023  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.310662  normal  0.736236 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28740  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000230263  hitchhiker  0.00000000587474 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0057  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0107433  normal  0.396712 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0035  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.928344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0031  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.418817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0615  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.394292  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0036  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.067402 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2512  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15480  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.837894  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0067  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.912761 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0044  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.408268  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0046  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243465 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0025  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.349516 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0033  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.981305 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0020  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00576144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0060  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0545385 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0051  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4243  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.421739  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0050  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0097  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.96402 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0001  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0033  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0281324  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0027  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1483  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.155971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0027  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000372611  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0015  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.745885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0008  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0152664  normal  0.709195 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14021  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t57  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0047  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0527952 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0019  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0011  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0009  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0048  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255642  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0069  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.648758  hitchhiker  0.00241462 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0033  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00669824  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0774  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0052  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.208712 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0011  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11857  normal  0.0548204 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>