296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_R0015 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0007  tRNA-Pro  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.929508 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0005  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240002  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25920  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04840  tRNA-Pro  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.51586 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0012  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03900  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.319325  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0059  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.193941 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0071  tRNA-Pro  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0705665  normal  0.183777 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0051  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0997799  hitchhiker  0.000248355 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0066  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  5.89097e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0011  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0060  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0058  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0094  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0006  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0007  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0101042 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0057  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0010  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.152064  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0057  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14040  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0988532 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0061  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.273453  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0051  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0010  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0009  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.152729 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0051  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0050  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0054  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.190136  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0052  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0050  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.134805  hitchhiker  0.00793111 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0007  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.73016 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0001  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.170167  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26300  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0014  tRNA-Pro  95 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0856304  normal  0.963089 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0075  tRNA-Pro  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1369  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0073  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0034  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0029  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0057  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0030  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.640007  normal  0.447016 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0012  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.488167  normal  0.183255 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0011  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0269347  normal  0.199214 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0063  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0047  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0049  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098355  normal  0.904271 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0047  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0025  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.102908  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0062  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000001951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19520  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00000755205  hitchhiker  0.000000818157 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0052  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00000162603  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0040  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0282  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000340373  hitchhiker  0.0000247007 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309277  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.203232 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna13  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0109171  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0009  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0016  tRNA-Pro  97.78 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13260  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0382436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36270  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.973598 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0050  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0073  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00652705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0026  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0079  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604341  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0025  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0012  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.189557  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0056  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0058  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.390134  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4158  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0004  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000393504  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0026  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.174672  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0096  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.859581  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0050  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0096  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09140  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.997808  normal  0.0616263 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0013  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000000324358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0019  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.512808  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0039  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.123055 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0006  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0044  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0044  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0045  tRNA-Pro  95.24 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0890762  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0037  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0042  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0040  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0024  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0559967  normal  0.0473979 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3956  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0473584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3912  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.303473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4915  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4016  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0300292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0002  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0010  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0571351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5079  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>