194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1369 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1369  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0052  tRNA-Pro  98.65 
 
 		 77 bp  139  1e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00000162603  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0057  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14040  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0988532 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0051  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0997799  hitchhiker  0.000248355 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0073  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0075  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0005  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240002  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0006  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0061  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.273453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0054  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.190136  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0010  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0010  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.152064  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0052  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0050  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.134805  hitchhiker  0.00793111 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0007  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0101042 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0059  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.193941 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0051  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0007  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.929508 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0034  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0030  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.640007  normal  0.447016 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0007  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.73016 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0057  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0011  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0269347  normal  0.199214 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0014  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0856304  normal  0.963089 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0013  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000000324358  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03900  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.319325  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0040  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0009  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.152729 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0071  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0705665  normal  0.183777 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309277  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.203232 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0050  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0051  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0042  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0050  tRNA-Pro  90.32 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0057  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0008  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.802652  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0016  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0011  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19520  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00000755205  hitchhiker  0.000000818157 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0029  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0012  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.488167  normal  0.183255 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25920  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0012  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0094  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0060  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04840  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.51586 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0066  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  5.89097e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0058  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36270  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.973598 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0025  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.102908  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0009  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0001  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.170167  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0049  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098355  normal  0.904271 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0006  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0050  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000229425  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0042  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.465816  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0022  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000414073  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0063  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13260  tRNA-Pro  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0382436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0062  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000001951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0052  tRNA-Ala  97.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0067  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.588797  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0047  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0047  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4158  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0011  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t27  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0120151  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0050  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0010  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.000307763  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0018  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.767214  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0026  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_R0051  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0018  tRNA-Pro  88 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_R0047  tRNA-Ala  100 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60110  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24870  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0079  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2126  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0022  tRNA-Ala  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.213128  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0073  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00652705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0011  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0020  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.130246  normal  0.018662 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0049  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0044  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.142801  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0002  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_R0010  tRNA-Ala  100 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0096  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_R0029  tRNA-Ala  100 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0096  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.859581  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0067  tRNA-Pro  84.13 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.750062  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0037  tRNA-Pro  84.13 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201404  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>