103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0008 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_R0008  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.802652  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0044  tRNA-Pro  92.45 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.142801  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0073  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1369  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0075  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0006  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0051  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0997799  hitchhiker  0.000248355 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0052  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00000162603  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0007  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.73016 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0029  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00564676  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0060  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0094  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0058  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19520  tRNA-Pro  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00000755205  hitchhiker  0.000000818157 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13260  tRNA-Pro  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0382436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t27  tRNA-Pro  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0120151  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0057  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0007  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0101042 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0061  tRNA-Pro  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.273453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0027  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0527994  normal  0.0630619 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14040  tRNA-Pro  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0988532 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0023  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0059  tRNA-Pro  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.193941 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0001  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0066  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  5.89097e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0022  tRNA-Pro  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000414073  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000540929  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0054  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.190136  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0052  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0050  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.134805  hitchhiker  0.00793111 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0051  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000201389  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0050  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0724016  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0050  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25920  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0021  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0010  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04840  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.51586 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1518  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000134274  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0007  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.929508 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0012  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0051  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0031  tRNA-Pro  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0018  tRNA-Pro  86.79 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0042  tRNA-Pro  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_AR0004  tRNA-Thr  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.359644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0030  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.249196  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0033  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.981305 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0042  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.354382  normal  0.128638 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0016  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000335758  normal  0.0133368 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0039  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0045  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00820009  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0050  tRNA-Pro  84.13 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0083  tRNA-Pro  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000012865  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0011  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0022  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.099872 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0050  tRNA-Pro  84.13 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0051  tRNA-Pro  84.13 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0049  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098355  normal  0.904271 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0034  tRNA-Pro  84.75 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000537169  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.228938  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0050    91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0032  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0024  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0028  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.988711  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0010  tRNA-Pro  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.152064  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0057  tRNA-Pro  84.48 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0011  tRNA-Pro  84.48 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0269347  normal  0.199214 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_R0001  tRNA-Thr  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.526231  decreased coverage  0.00115585 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_R0023  tRNA-Thr  100 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0013  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000103511  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0045  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.102714  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0005  tRNA-Pro  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240002  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0056  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0027  tRNA-Pro  83.33 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.0000000011857  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0032  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0138154  hitchhiker  0.00000207581 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0032  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0312905  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0035  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000987265  normal  0.0118441 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0034  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00129809  normal  0.24129 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0030  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0022  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.618008  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000118785  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0084  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.242329  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0090  tRNA-Pro  82.43 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03900  tRNA-Pro  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.319325  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0053  tRNA-Asp  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0071  tRNA-Pro  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0705665  normal  0.183777 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36270  tRNA-Pro  84.48 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.973598 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0055  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0081  tRNA-Pro  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0091  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0096  tRNA-Pro  82.43 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0016  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0009  tRNA-Asp  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0050  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00165947  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_637  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0811434  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>