101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_R0052 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_R0052  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0019  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0043  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32630  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.319038  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30530  tRNA-Ala  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.601239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0019  tRNA-Ala  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.23026 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0047  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.875026  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0043  tRNA-Ala  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0023  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.265478  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0053  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000600525 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0044  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.695473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0045  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0042  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.23769  normal  0.415289 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0042  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1441  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000019523  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0017  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14015  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00298492  normal  0.41958 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1359  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0016  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0024  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.831109  normal  0.249045 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0011  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00874285  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0053  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0033  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.209618  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0034  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.31263  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18170  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.251001  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0003  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10591  normal  0.264536 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0026  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.635837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0048  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0971605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0018  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0075  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0029  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.978783  normal  0.786802 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0027  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.392789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0048  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0013  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000441273  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0046  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.150337  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0021    96.77 
 
 		 368 bp  54  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.336942  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0013  tRNA-Ala  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.6257 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0052  tRNA-Pro  97.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00000162603  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13160  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.10655  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0027  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0770393  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0028  tRNA-Ala  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0970246  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1369  tRNA-Pro  97.14 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0012  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.556924 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00140  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0010  tRNA-Ala  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.319712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R02  tmRNA (10Sa RNA)  96.55 
 
 		 394 bp  50.1  0.00007  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11600  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.589046 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23850  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0054  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.243452  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0038  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.268958  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0039  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.164532  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0040  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0061  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.273453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0054  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.190136  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0038  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.666126  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0040  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.90959  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0052  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0011  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0050  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.134805  hitchhiker  0.00793111 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0007  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0101042 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0036  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000120511 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0049  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0254858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0010  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16810  tRNA-Val  93.75 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.606714  normal  0.0176901 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0033  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0028  tRNA-Lys  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000102441  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0051  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0010  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0964882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0025    96.3 
 
 		 370 bp  46.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.511345  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.177438  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0009  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0068  tRNA-Ala  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.781599  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0005  tRNA-Ala  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0011  tRNA-Thr  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.330038 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0047  tRNA-Ala  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00354694  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6031  tRNA-Val  88.1 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.54533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0036  tRNA-Pro  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.103691  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0014  tRNA-Pro  89.13 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0856304  normal  0.963089 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0034  tRNA-Ala  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.884899  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_265  tRNA-Ala  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>