205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_00140 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_00140  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.177438  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_265  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0034  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.884899  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0005  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0002  tRNA-Ala  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0002  tRNA-Ala  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0002  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0068  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.781599  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0049  tRNA-Ala  86.57 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0002  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.157867  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0049  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0254858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0019  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0010  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0964882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0047  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00354694  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32630  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.319038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1441  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000019523  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0047  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0023  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.265478  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0017  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0018  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.245872  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0048  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0047  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000513142  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0044  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.521013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_R0021  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0011  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00874285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0054  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0034  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0052  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0027  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.987879  normal  0.104292 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0043  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0048  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0971605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0033  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.397319  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0034  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000924303  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0023  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0028  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.217171 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0024  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.831109  normal  0.249045 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0016  tRNA-Val  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0267125  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0039  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000377805  hitchhiker  0.000399875 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0025  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.303399 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0043  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0025  hypothetical protein  90.7 
 
 		 1080 bp  54  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00265781  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0032  tRNA-Val  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0382858 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0020  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0042  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0324793  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0029  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.184095  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0040  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000987892 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0037  tRNA-Val  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.599971  normal  0.116724 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0022  tRNA-Val  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0019  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.23026 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0024  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0513079  normal  0.0822936 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0016  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11500  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.931498  hitchhiker  0.0025263 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14002  tRNA-Ala  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0041  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.910553  normal  0.362492 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0045  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0695113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0044  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0054  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000229051  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0052  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0045  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0054  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0058  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000131227  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0042  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.23769  normal  0.415289 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0011  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0613646 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0047  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.875026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0022  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.734931  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0042  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0054  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0003  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10591  normal  0.264536 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0036  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.274154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0049  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.566617 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0031  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0001  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0041  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>