218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_R0038 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0010  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0964882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0034  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.884899  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0068  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.781599  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0031  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0027  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.987879  normal  0.104292 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0049  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.566617 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1441  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000019523  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0044  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.521013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0048  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0023  tRNA-Ala  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.592453  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0049  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0254858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0031  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.488566  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0011  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0613646 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0037  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0040  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0034  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000924303  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0054  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0008  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.594698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0040  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0002  tRNA-Ala  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0014  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564752  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0071  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0004  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0001  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0086  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0087  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.456673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0022  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.734931  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0053  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0055  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0025  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.03724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00140  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0019  tRNA-Ala  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000122889  normal  0.598483 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309286  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0564631 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0022  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0068  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.240621  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0008  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.52636  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0008  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.142528  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0008  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0607736  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0026  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.635837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0035  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.221378 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0007  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.682382  normal  0.836798 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0047  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00354694  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0043  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0044  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0043  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.734011 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.177438  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0002  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0002  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32630  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.319038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0005  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_265  tRNA-Ala  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0019  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0024  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000188635  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0047  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337703  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0012  tRNA-Ala  89.8 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.000301607  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0063  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0018  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.245872  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0027  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.392789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0017  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0047  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000513142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0010  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0003  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10591  normal  0.264536 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0023  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.265478  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0003  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000742572  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0064  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0022  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0001  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0065  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1816  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0048  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0971605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0041  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0052  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>