298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_AR0012 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0049  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0254858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0071  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0055  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0087  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.456673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0053  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0086  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0063  tRNA-Ala  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0026  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.635837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0027  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 73 bp  111  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.392789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0010  tRNA-Ala  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0024  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.746229  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0081  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.659865  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0020  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.342024  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0054  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0049  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.566617 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0011  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0022  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0055  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0229189  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0047  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00354694  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0036  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000174487 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0028  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000126032  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0002  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0022  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0062  tRNA-Ala  94.92 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.374737  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0012  tRNA-Ala  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0013  tRNA-Ala  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0089  tRNA-Ala  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0088  tRNA-Ala  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0079  tRNA-Ala  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520494  normal  0.417103 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0080  tRNA-Ala  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.755627  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0066  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0285169  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00508313  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0043  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0640693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0054  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0194635  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0001  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4330  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0020  tRNA-Ala  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000865622  hitchhiker  2.9719399999999996e-20 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla03  tRNA-Ala  100 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00040  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0035  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000057464  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0036  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04529  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000000942406  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_003295  RS04531  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000151858  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4597  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2775  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.466623  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0050  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.21974  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0060  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00115408  normal  0.0927099 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2555  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000235232  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0040  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00260551  hitchhiker  0.00377232 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0062  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1456  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00170878  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0027  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  0.00000000000168426  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0030  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000620846  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0019  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000697155  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2332  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0355369  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0017  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.0000742006  normal  0.411264 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0051  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138749  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2669  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2968  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00156309  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2776  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.453071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3627  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00311856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0062  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4679  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000870415  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1301  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00804048  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5047  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000162268  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4680  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267016  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0060  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0168409 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5048  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000423557  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0029  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000636082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0032  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000439194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0047  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2603  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0323459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1300  hypothetical protein  88.16 
 
 		 147 bp  79.8  0.00000000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00987773  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2969  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0013859  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2670  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0041  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.148903  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0059  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00107174  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0010  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0964882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2645  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0670079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2646  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0177514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0057  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00550972  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0041  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00270764  hitchhiker  0.00379847 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0064  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.478576 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2546  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0594848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2547  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.03374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0022  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0014  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  0.000000000183317  normal  0.441681 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3626  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00292958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0016  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000104891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2246  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1790  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.215677  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>