298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_R0002 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0047  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00354694  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0071  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.735221 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0018  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.245872  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t29  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117493  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t31  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.109308  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA36  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.245048 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA38  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.851121  normal  0.242735 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R34  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0022  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0075  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.555179 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0031  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0725806 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0049  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.123188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0051  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.118722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0029  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0737058 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0033  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.106425 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0073  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.555179 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0047  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.055133  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0049  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0254858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0021  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000859233  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t37  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.295961  normal  0.0193801 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t39  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.304224  normal  0.0192594 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t41  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0706595  normal  0.0191352 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0019  tRNA-Ala  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000697155  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0022  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0047  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000513142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0055  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0071  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0053  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0062  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.374737  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0049  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.566617 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0047  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0026  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.635837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0086  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0087  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.456673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0011  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0019  tRNA-Ala  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0037  tRNA-Ala  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  95.65 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00508313  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0020  tRNA-Ala  95.65 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000865622  hitchhiker  2.9719399999999996e-20 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0027  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.392789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0058  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000693286  normal  0.541415 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6015  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0010  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0022  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.331538  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0002  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0018  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00619278  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0008  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.224087 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6047  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0084  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0057  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.646695 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0062  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.259721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0065  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0073  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.153507 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0004  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0028446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0019  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.218874 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0063  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0054  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000876029  normal  0.742043 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0056  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000771632  normal  0.557555 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0075  tRNA-Ala  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.00000000000000858856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6008  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.458315 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0060  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00115408  normal  0.0927099 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00040  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0059  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00107174  normal  0.0900334 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0035  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000057464  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0036  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4679  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000870415  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04529  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000000942406  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4680  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267016  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0027  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  0.00000000000168426  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0030  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000620846  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2775  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.466623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2646  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0177514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0029  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000636082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0032  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000439194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2546  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0594848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3627  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00311856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0041  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00270764  hitchhiker  0.00379847 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0015  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.176699  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2670  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2645  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0670079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2968  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00156309  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2969  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0013859  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0062  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0014  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  0.000000000183317  normal  0.441681 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0064  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.478576 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5047  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000162268  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5048  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000423557  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1300  hypothetical protein  86.84 
 
 		 147 bp  71.9  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00987773  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1301  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00804048  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2603  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0323459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>