More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_6008 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_6015  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6008  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.458315 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0049  tRNA-Ala  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.306832 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2178  tRNA-Ala  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2571  tRNA-Ala  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2450  tRNA-Ala  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0553  tRNA-Ala  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2493  tRNA-Ala  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0410  tRNA-Ala  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2608  tRNA-Ala  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0020  tRNA-Ala  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0080  tRNA-Ala  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-6  tRNA-Ala  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-7  tRNA-Ala  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0182  tRNA-Ala  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0169  tRNA-Ala  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1783  tRNA-Ala  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5625  tRNA-Ala  94.74 
 
 
78 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0342896  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5641  tRNA-Ile  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5644  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5311  tRNA-Ala  94.74 
 
 
78 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.124894  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0003  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0010  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0026  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0248198  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0010  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0008  tRNA-Ala  94.74 
 
 
78 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  94.74 
 
 
79 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  94.74 
 
 
79 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.511469  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  94.74 
 
 
79 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  94.74 
 
 
79 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  94.74 
 
 
79 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  94.74 
 
 
79 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.520164  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  94.74 
 
 
79 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5618  tRNA-Ala  94.74 
 
 
78 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0269583  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5641  tRNA-Ala  94.74 
 
 
78 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.105844  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5287  tRNA-Ala  94.74 
 
 
78 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.231328  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6047  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0003  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00147071  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.132549  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0026  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0540884  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0018  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00619278  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0029  tRNA-Ala  94.74 
 
 
78 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0008  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.224087 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0009  tRNA-Ala  94.74 
 
 
78 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0348385  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0103  tRNA-Ala  94.74 
 
 
78 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00163997  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0033  tRNA-Ala  94.74 
 
 
78 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.362537  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0084  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0057  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.646695 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0062  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.259721  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0065  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0073  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.153507 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0004  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0028446  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0019  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.218874 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5026  tRNA-Ala  94.59 
 
 
78 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000587824  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  94.59 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000677485  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  94.59 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000396068  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  94.59 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.265738  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-6  tRNA-Ala  94.59 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000288872  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  94.59 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000494003  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  94.59 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00200718  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5811  tRNA-Ala  94.59 
 
 
78 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00210274  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5734  tRNA-Ala  94.59 
 
 
78 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000108147  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4569  tRNA-Ala  94.59 
 
 
78 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000675831  normal  0.111562 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0220  tRNA-Ala  94.59 
 
 
78 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000245454  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0787  tRNA-Ala  94.59 
 
 
78 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.3879199999999999e-31 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4995  tRNA-Ala  94.59 
 
 
78 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0862  tRNA-Ala  94.59 
 
 
78 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000933142  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0041  tRNA-Ala  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000928737  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5655  tRNA-Ala  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000213498  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5696  tRNA-Ala  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000731558  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5724  tRNA-Ala  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000745652  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0131  tRNA-Ala  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000907835  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0135  tRNA-Ala  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00338984  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0106  tRNA-Ala  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000506231  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  94.52 
 
 
76 bp  113  6e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000729752  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  94.52 
 
 
76 bp  113  6e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000114514  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  94.52 
 
 
76 bp  113  6e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000442244  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5658  tRNA-Ala  94.52 
 
 
76 bp  113  6e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000863381  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5140  tRNA-Ala  94.52 
 
 
76 bp  113  6e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00011996  normal  0.803313 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0102  tRNA-Ala  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00179656  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0175  tRNA-Ala  94.52 
 
 
76 bp  113  6e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0809338 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000936426  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000418225  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000357086  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0041  tRNA-Ala  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.66128  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0196  tRNA-Ala  94.52 
 
 
76 bp  113  6e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000704358  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0065  tRNA-Ala  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000878402  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0054  tRNA-Ala  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.755946  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0065  tRNA-Ala  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0016  tRNA-Ala  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000267693  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0080  tRNA-Ala  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00204855  normal  0.185983 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>