More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_R0015 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_R0055  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000025235  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0015  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.176699  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0044  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0050  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0340  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0346  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0557  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0563  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3906  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0002  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00133969  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0009  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0632533  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0017  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0175356  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0024  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.022651  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0082  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000141223  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00201  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00328  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00195  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03719  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03615  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6008  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.458315 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0084  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0057  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.646695 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0065  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0073  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.153507 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0004  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0028446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6015  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0073  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.555179 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0047  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.055133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0627  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000351596  normal  0.0173581 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0071  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.735221 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0029  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0737058 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0075  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.555179 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4292  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000724507  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0084  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0403496  normal  0.138563 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0128  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000050642  normal  0.0403899 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0469  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000319828  normal  0.0257822 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R34  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0004  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000571046  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0033  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.106425 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0022  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0031  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0725806 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0021  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000859233  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4264  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000257856  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4205  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000556554  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0008  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00058082  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0018  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000122806  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0057  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0125445  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0103  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000241452  normal  0.0209132 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0017  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00161415  hitchhiker  0.00407434 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0060  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000375554  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0047  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000145993  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0051  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.118722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0049  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.123188  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t37  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.295961  normal  0.0193801 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t39  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.304224  normal  0.0192594 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t41  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0706595  normal  0.0191352 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0049  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.306832 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00002  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00307219  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0279  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.106788  normal  0.58807 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4269  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00650641  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00060  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0512928  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00072  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00919512  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0005  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00430225  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4642  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000860884  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0076  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000601074  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0101  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00826965  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0010  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0704322  hitchhiker  0.00208971 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5401  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0384247  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0036  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000936293  normal  0.188106 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4459  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00362002  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4345  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0446638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4197  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0213106  normal  0.765485 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0290  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0570234  normal  0.459614 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0008  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000639755  hitchhiker  0.000460021 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0080  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00204855  normal  0.185983 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0813  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465063  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6151  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.140064  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4844  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054319  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5093  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000403795  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5005  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000268142  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4715  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490534  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5076  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000555714  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0215  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00974156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0118  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000597046  hitchhiker  0.0000576629 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3572  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000440761  normal  0.421667 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0274  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00335921  normal  0.424376 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4122  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000949102  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4463  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0383227  hitchhiker  0.000721732 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4316  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0676327  normal  0.201068 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0197  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000401396  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0095  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0130404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0013  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00682305  normal  0.0131839 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0072  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000523195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4220  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00471797  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4703  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000422544  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0006  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0023212  hitchhiker  0.00319916 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0024  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000443957  unclonable  0.00000686591 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0052  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0311944  normal  0.790944 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0089  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000026686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0007  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00495936  normal  0.0650768 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>