More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_R0024 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0044  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0050  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0340  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0346  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0557  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0563  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3906  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00133969  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0009  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0632533  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0017  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0175356  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0024  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.022651  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0082  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000141223  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03615  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00328  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03719  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00195  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00201  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4264  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000257856  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0084  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0403496  normal  0.138563 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4205  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000556554  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4292  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000724507  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0008  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00058082  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0004  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000571046  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0627  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000351596  normal  0.0173581 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0047  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000145993  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0057  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0125445  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0018  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000122806  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0103  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000241452  normal  0.0209132 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0017  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00161415  hitchhiker  0.00407434 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0469  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000319828  normal  0.0257822 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0128  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000050642  normal  0.0403899 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0060  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000375554  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0134  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000329737  normal  0.0145655 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0006  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000138481  normal  0.649612 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0071  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000469836  normal  0.108632 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0009  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00140514  normal  0.720887 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0037  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0515316  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0148  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00584205  unclonable  0.0000000149917 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0009  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0330321  hitchhiker  0.00801031 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0023  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000263771  hitchhiker  0.000576138 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0008  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000976028  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna156  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.011168  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0097  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000376718  normal  0.165584 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0113  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000340482  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0156  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.223913  hitchhiker  0.00000109192 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0033  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000292455  normal  0.447414 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0003  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0369112  normal  0.119668 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0136  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00216057  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0071  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.116303  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t004  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t063  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t095  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t04  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t10  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0117548  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t16  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.266667  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t41  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.155004  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t62  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.132362  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0011  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000293397  hitchhiker  0.000919348 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0062  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000746222  normal  0.783318 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0116  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551315  hitchhiker  0.000206689 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0021  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0879619  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0010  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0312257  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0008  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000983847  hitchhiker  0.000163043 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0026  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0505593  unclonable  0.00000400099 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0066  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000458923  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0011  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000768002  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0015  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00408326  hitchhiker  0.00315011 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0083  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00420307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA15  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.140136  normal  0.0102335 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA50  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000979507  normal  0.305106 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA6  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0168581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA72  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000170851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA81  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00142149  normal  0.0185896 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R14  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000817824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R3  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00599738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0054  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00629084  normal  0.3868 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R43  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000550301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R58  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000367704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R79  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000916269  hitchhiker  0.00756682 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R92  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000124955  normal  0.753041 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0036  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000477203  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0043  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0457533  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0051  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000604865  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0009  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.192071  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0080  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00215161  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0078  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000280494  normal  0.145068 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0012  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0133641  hitchhiker  0.000473278 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0044  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000111435  normal  0.0314224 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0052  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00660859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0097  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.636111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla01  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 79 bp  119  9.999999999999999e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla02  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 79 bp  119  9.999999999999999e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0009  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000331872  normal  0.306257 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0073  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0694926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0009  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.441626  hitchhiker  0.00992497 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0022  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000187329  normal  0.052619 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0073  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0105913  normal  0.127939 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0174  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.17996  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0091  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000036342  hitchhiker  0.00439232 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0060  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000273656  normal  0.689003 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>