More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_R0010 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_R0080  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00204855  normal  0.185983 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0072  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000523195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0036  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000936293  normal  0.188106 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0010  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0704322  hitchhiker  0.00208971 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0078  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000280494  normal  0.145068 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0008  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000983847  hitchhiker  0.000163043 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t04  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t10  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0117548  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t16  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.266667  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t41  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.155004  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t62  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.132362  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0023  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000263771  hitchhiker  0.000576138 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0097  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000376718  normal  0.165584 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA15  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.140136  normal  0.0102335 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA50  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000979507  normal  0.305106 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA6  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0168581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA72  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000170851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA81  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00142149  normal  0.0185896 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R14  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000817824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R3  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00599738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R43  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000550301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R58  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000367704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R79  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000916269  hitchhiker  0.00756682 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R92  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000124955  normal  0.753041 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0060  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000273656  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0006  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000138481  normal  0.649612 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0054  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00629084  normal  0.3868 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0033  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000292455  normal  0.447414 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0011  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000293397  hitchhiker  0.000919348 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0062  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000746222  normal  0.783318 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0015  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00408326  hitchhiker  0.00315011 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0091  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000036342  hitchhiker  0.00439232 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t10  tRNA-Ala  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.922263  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t49  tRNA-Ala  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t69  tRNA-Ala  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.595714  hitchhiker  0.00914053 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-6  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-7  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0553  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2178  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2450  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2493  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2571  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2608  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0020  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0080  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0169  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0182  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0410  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1783  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0058  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000693286  normal  0.541415 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0627  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000351596  normal  0.0173581 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4264  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000257856  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0469  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000319828  normal  0.0257822 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0026  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0248198  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0054  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000876029  normal  0.742043 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0056  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000771632  normal  0.557555 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5641  tRNA-Ile  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5644  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5618  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0269583  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0060  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000375554  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4205  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000556554  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0026  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0540884  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4292  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000724507  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5625  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0342896  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 79 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5641  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.105844  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 79 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.511469  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5287  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.231328  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 79 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 79 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5311  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.124894  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 79 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0008  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 79 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.520164  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0029  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 79 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0103  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00163997  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00147071  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.132549  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0004  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000571046  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0017  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00161415  hitchhiker  0.00407434 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0033  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.362537  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0009  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0348385  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0047  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000145993  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0022  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.331538  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0103  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000241452  normal  0.0209132 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0010  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0128  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000050642  normal  0.0403899 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0010  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0003  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0003  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0002  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0084  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0403496  normal  0.138563 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0862  tRNA-Ala  95.95 
 
 		 78 bp  123  6e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000933142  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5026  tRNA-Ala  95.95 
 
 		 78 bp  123  6e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000587824  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>