More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_R34 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_R0049  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.123188  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0051  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.118722  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0033  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.106425 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0031  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0725806 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0047  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.055133  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R34  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0029  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0737058 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0075  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.555179 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0073  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.555179 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0071  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.735221 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0021  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000859233  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t37  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.295961  normal  0.0193801 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t39  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.304224  normal  0.0192594 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t41  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0706595  normal  0.0191352 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0064  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.478576 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00039  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000221447  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00040  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2555  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000235232  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4680  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267016  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0035  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000057464  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0036  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2775  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.466623  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2969  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0013859  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04529  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000000942406  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_003295  RS04531  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000151858  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0059  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00107174  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0014  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  0.000000000183317  normal  0.441681 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0002  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2776  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.453071  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0041  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00270764  hitchhiker  0.00379847 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2603  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0323459  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t29  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117493  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t31  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.109308  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0060  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00115408  normal  0.0927099 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3627  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00311856  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2669  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2670  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5048  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000423557  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5047  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000162268  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA36  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.245048 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA38  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.851121  normal  0.242735 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0062  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0062  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0027  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  0.00000000000168426  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0030  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000620846  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0056  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0181776  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0042  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.153613  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2546  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0594848  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0040  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00260551  hitchhiker  0.00377232 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0057  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00550972  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2968  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00156309  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2547  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.03374  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2645  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0670079  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0022  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.331538  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0056  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000771632  normal  0.557555 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0058  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000693286  normal  0.541415 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2604  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0335338  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0029  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000636082  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0032  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000439194  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2554  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000251345  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0060  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0168409 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3626  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00292958  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2646  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0177514  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1301  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00804048  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4679  tRNA-Ala  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000870415  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4597  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0017  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.0000742006  normal  0.411264 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0050  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.21974  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0051  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138749  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0041  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.148903  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1300  hypothetical protein  97.37 
 
 
147 bp  135  1.9999999999999998e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00987773  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0054  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000876029  normal  0.742043 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0039  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000491618  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0038  tRNA-Ala  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000499676  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t01  tRNA-Ala  97.26 
 
 
73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.126488  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2008  tRNA-Ala  97.26 
 
 
73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0187  tRNA-Ala  97.26 
 
 
76 bp  129  1.0000000000000001e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4264  tRNA-Ala  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000257856  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0103  tRNA-Ala  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000241452  normal  0.0209132 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0060  tRNA-Ala  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000375554  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4292  tRNA-Ala  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000724507  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0047  tRNA-Ala  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000145993  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0004  tRNA-Ala  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000571046  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0627  tRNA-Ala  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000351596  normal  0.0173581 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0469  tRNA-Ala  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000319828  normal  0.0257822 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4205  tRNA-Ala  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000556554  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0084  tRNA-Ala  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0403496  normal  0.138563 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0128  tRNA-Ala  96.05 
 
 
78 bp  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000050642  normal  0.0403899 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0017  tRNA-Ala  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00161415  hitchhiker  0.00407434 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0018  tRNA-Ala  97.1 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00619278  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0008  tRNA-Ala  97.1 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.224087 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0062  tRNA-Ala  97.1 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.259721  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0019  tRNA-Ala  97.1 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.218874 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6047  tRNA-Ala  97.1 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0025  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.678312  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0022  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0029  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0993455  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1985  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000056627  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0091  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000134168  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0098  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000110088  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>