169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_R0047 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013946  Mrub_R0047  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000513142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0047  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337703  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0018  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.245872  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10200  tRNA-Ala  92.65 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.24537  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0017  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10290  tRNA-Ala  92.65 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0029  tRNA-Ala  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.184095  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0011  tRNA-Ala  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00874285  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0044  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.521013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0011  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0073  tRNA-Ala  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0031  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.264796  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0002  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0019  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0012  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.424718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0019  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.274355  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0042  tRNA-Ala  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0324793  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11500  tRNA-Ala  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.931498  hitchhiker  0.0025263 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0039  tRNA-Ala  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000377805  hitchhiker  0.000399875 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0040  tRNA-Ala  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000987892 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0043  tRNA-Ala  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0044  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23850  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11600  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.589046 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0041  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00164455  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0039  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000954288 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0022  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.409471 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0047  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00129328  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0049  tRNA-Ala  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0254858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0041  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.910553  normal  0.362492 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0054  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0194635  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.177438  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32630  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.319038  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_265  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0034  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.884899  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0005  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0057  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0039  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0063  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0071  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0025  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.303399 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0063  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0026  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.635837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0086  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0087  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.456673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14015  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00298492  normal  0.41958 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0010  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0053  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0055  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13160  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.10655  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0016  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0045  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0695113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0038  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.882256  normal  0.801232 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0028  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0970246  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0027  tRNA-Ala  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0770393  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0029  tRNA-Ala  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1441  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000019523  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0019  tRNA-Ala  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.23026 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0049  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00105958  hitchhiker  0.000875041 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0019  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0027  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.392789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0047  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.875026  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0050  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0531103 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00140  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0031  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0038  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.268958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0011  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0613646 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0039  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.164532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0054  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.243452  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0040  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18170  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.251001  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0024  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.746229  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0013  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.6257 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0025  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.03724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0023  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.265478  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0047  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00354694  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0891  Integrase catalytic region  96.77 
 
 		 1140 bp  54  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.233948  normal  0.0447709 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0024  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0513079  normal  0.0822936 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0015  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0020  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0049  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0024  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.831109  normal  0.249045 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0018  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>