More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_R0062 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_R0022  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0062  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.374737  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0022  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0087  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00553547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0089  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0027987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0091  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000134168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0093  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000010191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0098  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000110088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0047  tRNA-Ala  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000125219  normal  0.0337252 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0050  tRNA-Ala  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000142107  normal  0.0152639 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0022  tRNA-Ala  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2332  tRNA-Ala  95.65 
 
 		 78 bp  113  6e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0355369  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0994  tRNA-Ala  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0502689  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2246  tRNA-Ala  95.65 
 
 		 78 bp  113  6e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0016  tRNA-Ala  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000104891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1790  tRNA-Ala  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.215677  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0038  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000499676  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00039  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000221447  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00040  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0017  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.0000742006  normal  0.411264 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0059  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00107174  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2555  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000235232  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0035  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000057464  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0036  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1301  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00804048  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1300  hypothetical protein  93.42 
 
 		 147 bp  111  2.0000000000000002e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00987773  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0050  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.21974  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4679  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000870415  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4680  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267016  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04529  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000000942406  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_003295  RS04531  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000151858  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0082  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150663  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2546  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0594848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2604  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0335338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0064  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.478576 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0042  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.153613  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2603  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0323459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0091  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000846369  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0027  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  0.00000000000168426  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0030  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000620846  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2645  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0670079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2669  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2775  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.466623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2554  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000251345  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2547  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.03374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5047  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000162268  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4597  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0062  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0051  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138749  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5048  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000423557  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0057  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00550972  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0039  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000491618  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0079  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000189125  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0056  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0181776  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0029  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000636082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0032  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000439194  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0062  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2670  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2646  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0177514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2776  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.453071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3627  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00311856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3626  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00292958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0041  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00270764  hitchhiker  0.00379847 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0040  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00260551  hitchhiker  0.00377232 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0103  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000350392  normal  0.115609 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0100  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000335947  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0060  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00115408  normal  0.0927099 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0026  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.635837  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0041  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.148903  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0060  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0168409 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2968  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00156309  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2969  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0013859  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0088  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000415947  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2459  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0115625  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0014  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  0.000000000183317  normal  0.441681 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t044  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000983341  normal  0.0210238 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1456  tRNA-Ala  95.52 
 
 		 78 bp  109  9.000000000000001e-23  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00170878  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t040  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000397892  normal  0.0209012 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2008  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt28  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt28  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0187  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4330  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0001  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0043  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0640693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0075  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179724  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0019  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000697155  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0027  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.392789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0012  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0010  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.100058 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0005  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0035  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.222164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0016  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.320664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0045  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000205649  normal  0.101585 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0004  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0002  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.778996  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3211  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000514426  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0050  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000000169071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0018  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.867463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0040  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.570162  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>