299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_R0047 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_R0047  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00354694  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0024  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00134353 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08330  tRNA-Ala  94.2 
 
 
76 bp  105  1e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0848374 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04600  tRNA-Ala  94.2 
 
 
76 bp  105  1e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0048  tRNA-Ala  94.2 
 
 
76 bp  105  1e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.152542 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0002  tRNA-Ala  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0049  tRNA-Ala  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0254858  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0036  tRNA-Ala  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.274154  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0041  tRNA-Ala  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0022  tRNA-Ala  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0030  tRNA-Ala  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000491237  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  89.47 
 
 
78 bp  87.7  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  89.04 
 
 
73 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0062  tRNA-Ala  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.374737  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0053  tRNA-Ala  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0071  tRNA-Ala  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0029  tRNA-Ala  95.83 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.180945  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0022  tRNA-Ala  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0055  tRNA-Ala  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0042  tRNA-Ala  95.83 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0086  tRNA-Ala  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0087  tRNA-Ala  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.456673  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0054  tRNA-Ala  88.57 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0035  tRNA-Ala  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000225526  normal  0.205533 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0085  tRNA-Ala  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000688408  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0048  tRNA-Ala  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00170622  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0040  tRNA-Ala  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000000974841  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0071  tRNA-Ala  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000197346  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0047  tRNA-Ala  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.119582  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0023  tRNA-Ala  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0142272 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0019  tRNA-Ala  87.67 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.495919  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0114  tRNA-Ala  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000837994  normal  0.210709 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0044  tRNA-Ala  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000237327  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0103  tRNA-Ala  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0320244  normal  0.194371 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00040  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0035  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000057464  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0036  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2547  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.03374  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3627  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00311856  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3626  tRNA-Ala  86.84 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00292958  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2646  tRNA-Ala  86.84 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0177514  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RS04531  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000151858  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0469  tRNA-Ala  86.84 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000319828  normal  0.0257822 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0084  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0403496  normal  0.138563 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0054  tRNA-Ala  89.06 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0194635  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0064  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.478576 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t31  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.109308  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4680  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267016  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4205  tRNA-Ala  86.84 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000556554  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2546  tRNA-Ala  86.84 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0594848  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0062  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0128  tRNA-Ala  86.84 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000050642  normal  0.0403899 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA36  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.245048 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA38  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.851121  normal  0.242735 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0075  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.555179 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0049  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.123188  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0027  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  0.00000000000168426  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0030  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000620846  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0047  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000145993  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0062  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4679  tRNA-Ala  86.84 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000870415  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2776  tRNA-Ala  86.84 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.453071  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5047  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000162268  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R34  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0033  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.106425 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0004  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000571046  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2968  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00156309  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0040  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00260551  hitchhiker  0.00377232 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0627  tRNA-Ala  86.84 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000351596  normal  0.0173581 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2969  tRNA-Ala  86.84 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0013859  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0103  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000241452  normal  0.0209132 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0014  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  0.000000000183317  normal  0.441681 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0060  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00115408  normal  0.0927099 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0071  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.735221 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0059  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00107174  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0047  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.055133  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4292  tRNA-Ala  86.84 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000724507  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0029  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000636082  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0032  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000439194  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0041  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00270764  hitchhiker  0.00379847 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0051  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.118722  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2603  tRNA-Ala  86.84 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0323459  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4264  tRNA-Ala  86.84 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000257856  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2604  tRNA-Ala  86.84 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0335338  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2670  tRNA-Ala  86.84 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2669  tRNA-Ala  86.84 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0029  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0737058 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2555  tRNA-Ala  86.84 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000235232  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2645  tRNA-Ala  86.84 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0670079  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2554  tRNA-Ala  86.84 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000251345  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0031  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0725806 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0017  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00161415  hitchhiker  0.00407434 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0026  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.635837  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0060  tRNA-Ala  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000375554  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2775  tRNA-Ala  86.84 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.466623  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>