299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HS_tAla03 on replicon NC_008309
Organism: Haemophilus somnus 129PT



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008309  HS_tAla03  tRNA-Ala  100 
 
 		 79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2332  tRNA-Ala  93.51 
 
 		 78 bp  113  6e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0355369  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1790  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.215677  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2246  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1456  tRNA-Ala  93.24 
 
 		 78 bp  107  4e-22  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00170878  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0001  tRNA-Ala  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0036  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000174487 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0043  tRNA-Ala  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0640693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4330  tRNA-Ala  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0055  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0229189  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0028  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000126032  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0046  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0265781  normal  0.152428 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0022  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0025  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0039  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.575536  normal  0.4318 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00508313  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0022  tRNA-Ala  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0079  tRNA-Ala  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520494  normal  0.417103 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0020  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000865622  hitchhiker  2.9719399999999996e-20 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0080  tRNA-Ala  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.755627  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0088  tRNA-Ala  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0994  tRNA-Ala  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0502689  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0089  tRNA-Ala  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0016  tRNA-Ala  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000104891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0013  tRNA-Ala  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0012  tRNA-Ala  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0019  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000697155  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0027  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0066  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0071  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0035  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.222164  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0010  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0035  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00302352  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0017  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.238623  normal  0.104825 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0027  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.260032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0063  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.949581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1300  hypothetical protein  89.74 
 
 		 147 bp  91.7  2e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00987773  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2670  tRNA-Ala  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2555  tRNA-Ala  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000235232  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0013  tRNA-Ala  96.23 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00398337 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4222  tRNA-Ala  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.27944e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4679  tRNA-Ala  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000870415  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3626  tRNA-Ala  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00292958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2646  tRNA-Ala  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0177514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0081  tRNA-Ala  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.659865  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0022  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2546  tRNA-Ala  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0594848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2669  tRNA-Ala  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2645  tRNA-Ala  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0670079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2604  tRNA-Ala  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0335338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2969  tRNA-Ala  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0013859  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2603  tRNA-Ala  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0323459  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2775  tRNA-Ala  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.466623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0062  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.374737  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1995  tRNA-Ala  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0004  tRNA-Ala  96.23 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2776  tRNA-Ala  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.453071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2554  tRNA-Ala  89.61 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000251345  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0002  tRNA-Ala  96.23 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00040  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0036  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0077  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000406262  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04529  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000000942406  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_003295  RS04531  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000151858  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1375  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00000019852  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t070  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t072  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4221  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.30182e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2486  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000314441  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0027  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  0.00000000000168426  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0030  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000620846  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0044  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2540  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.0000814865  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2625  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000251255  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2626  hypothetical protein  89.47 
 
 		 1470 bp  87.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.00000000164664  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0075  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1985  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000056627  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0078  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000423049  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2102  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000104727  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0053  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.905694 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0079  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000115444  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0064  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.478576 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0016  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.320664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0045  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000205649  normal  0.101585 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3211  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000514426  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0058  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  unclonable  0.000000000000357472  normal  0.478437 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2101  hypothetical protein  89.47 
 
 		 228 bp  87.7  3e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000210975  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0029  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000636082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0032  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000439194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1301  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00804048  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0058  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000000348439  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0056  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000000000305477  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0076  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0060  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000591053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0062  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000152195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2547  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.03374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0040  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00260551  hitchhiker  0.00377232 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0041  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00270764  hitchhiker  0.00379847 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0062  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>