298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_R0066 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_R0066  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0285169  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0028  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000126032  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0081  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.659865  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0055  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0229189  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0036  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000174487 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00508313  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0020  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000865622  hitchhiker  2.9719399999999996e-20 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0071  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0053  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0055  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0086  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0087  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.456673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0026  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.635837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0027  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.392789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0029  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.180945  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0042  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0049  tRNA-Ala  97.83 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0254858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0022  tRNA-Ala  97.83 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0062  tRNA-Ala  97.83 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.374737  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  97.83 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla03  tRNA-Ala  95.92 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0079  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520494  normal  0.417103 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4330  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0088  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0001  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0043  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0640693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0080  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.755627  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0012  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0010  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0063  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0089  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0022  tRNA-Ala  95.65 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0013  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00398337 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0019  tRNA-Ala  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000697155  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0002  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0004  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0002  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1456  tRNA-Ala  97.44 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00170878  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0994  tRNA-Ala  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0502689  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2246  tRNA-Ala  97.44 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0075  tRNA-Ala  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.00000000000000858856  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0020  tRNA-Ala  97.44 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.342024  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0016  tRNA-Ala  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000104891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1790  tRNA-Ala  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.215677  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0024  tRNA-Ala  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.746229  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0022  tRNA-Ala  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2332  tRNA-Ala  97.44 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0355369  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0039  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.575536  normal  0.4318 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0025  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0011  tRNA-Ala  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0028  tRNA-Ala  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t070  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1997  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0079  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000115444  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0076  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4222  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.27944e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R32  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4221  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.30182e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2740  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000025557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0075  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0078  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000423049  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0062  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000778147  normal  0.022465 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0064  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000617351  normal  0.0220533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0062  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000770874  normal  0.663718 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0064  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000015576  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0077  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000406262  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1995  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0060  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000591053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0062  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000152195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0049  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.566617 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0047  tRNA-Ala  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.739018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0046  tRNA-Ala  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0265781  normal  0.152428 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00040  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0059  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00107174  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_003295  RS04529  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000000942406  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_003295  RS04531  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000151858  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0014  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  0.000000000183317  normal  0.441681 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2968  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00156309  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0040  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00260551  hitchhiker  0.00377232 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4680  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267016  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0187  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2969  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0013859  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5047  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000162268  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0029  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000636082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0032  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000439194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2546  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0594848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0041  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00270764  hitchhiker  0.00379847 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2547  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.03374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0082  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150663  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0089  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0027987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0091  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000134168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0093  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000010191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0098  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000110088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0103  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000350392  normal  0.115609 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0100  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000335947  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5048  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000423557  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1300  hypothetical protein  91.3 
 
 		 147 bp  60  0.00000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00987773  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>