299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_R0013 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00398337 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0047  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.739018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0080  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.755627  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0012  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0002  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0013  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0004  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0079  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520494  normal  0.417103 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0088  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0089  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0043  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0640693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0025  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4330  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0001  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0039  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.575536  normal  0.4318 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0022  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0994  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0502689  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0016  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000104891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla03  tRNA-Ala  96.23 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0067  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0193127 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0004    89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.887473 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0053  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0029  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0055  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.623624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0002  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.381422  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0010  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.100058 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0005  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0004  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0002  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.778996  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0051  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0025  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.114499  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0068  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0550455 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA1  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.586426 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0056  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000003137  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0044  tRNA-Ala  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0081  tRNA-Ala  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.659865  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0078  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000423049  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0079  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000115444  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0028  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000126032  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t070  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0036  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000174487 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2740  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000025557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R32  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1997  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1995  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0055  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0229189  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0077  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000406262  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4221  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.30182e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0023  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0063  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0062  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000778147  normal  0.022465 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0064  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000617351  normal  0.0220533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0062  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000770874  normal  0.663718 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0064  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000015576  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0023  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.756244  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0060  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000591053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0062  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000152195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0075  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0076  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4222  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.27944e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0057  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.117051  hitchhiker  0.00489854 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t072  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2246  tRNA-Ala  92.45 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1456  tRNA-Ala  92.45 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00170878  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60530  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.47685  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60510  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25765  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23570  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.981863  normal  0.0268964 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0066  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0285169  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1790  tRNA-Ala  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.215677  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2332  tRNA-Ala  92.45 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0355369  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0008  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.532547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0061  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.842258  normal  0.752535 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00508313  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0020  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.530354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0039  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0038  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000224976  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0011    86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0051  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.32667 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0022  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0020  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000865622  hitchhiker  2.9719399999999996e-20 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0041  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0025  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.678312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA3  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0001  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.272552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0002  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0007  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0007  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0096  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000883074  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0019  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0012  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0031  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0035  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0036  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0111  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000942112  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0015  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0024  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.746229  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna17  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna15  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.888051  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0042  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.333285 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>