More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_R0025 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_R0038  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000224976  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0035  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0036  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna17  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna15  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.888051  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0039  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0025  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.678312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0022  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.331538  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA1  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.586426 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0056  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000771632  normal  0.557555 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0002  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.381422  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0004    97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.887473 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0029  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0010  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.100058 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0005  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0004  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0002  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.778996  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0056  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000003137  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0058  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000693286  normal  0.541415 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0054  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000876029  normal  0.742043 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0025  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.114499  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0002  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t01  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.126488  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0071  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.735221 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0075  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.555179 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0051  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.118722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0994  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0502689  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6047  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0033  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.106425 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R34  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0018  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00619278  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0008  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.224087 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0062  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.259721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0019  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.218874 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0049  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.123188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0029  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0737058 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0016  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000104891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0031  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0725806 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0073  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.555179 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0021  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000859233  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0022  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0047  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.055133  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt28  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt28  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t37  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.295961  normal  0.0193801 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t39  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.304224  normal  0.0192594 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t41  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0706595  normal  0.0191352 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0015  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00408326  hitchhiker  0.00315011 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0062  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000746222  normal  0.783318 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0054  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00629084  normal  0.3868 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t04  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t10  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0117548  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t16  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.266667  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t41  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.155004  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t62  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.132362  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA15  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.140136  normal  0.0102335 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA50  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000979507  normal  0.305106 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA6  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0168581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA72  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000170851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA81  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00142149  normal  0.0185896 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0012  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00270892  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R14  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000817824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R3  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00599738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R43  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000550301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R58  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000367704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R79  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000916269  hitchhiker  0.00756682 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R92  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000124955  normal  0.753041 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0060  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000273656  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0008  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000983847  hitchhiker  0.000163043 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0006  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000138481  normal  0.649612 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0097  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000376718  normal  0.165584 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0078  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000280494  normal  0.145068 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0033  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000292455  normal  0.447414 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0023  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000263771  hitchhiker  0.000576138 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0091  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000036342  hitchhiker  0.00439232 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0011  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000293397  hitchhiker  0.000919348 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0080  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00204855  normal  0.185983 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0010  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0704322  hitchhiker  0.00208971 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0036  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000936293  normal  0.188106 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0072  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000523195  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t10  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.922263  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t49  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t69  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.595714  hitchhiker  0.00914053 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t29  tRNA-Ala  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117493  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t31  tRNA-Ala  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.109308  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA36  tRNA-Ala  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.245048 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA38  tRNA-Ala  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.851121  normal  0.242735 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00040  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0035  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000057464  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R32  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4330  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0029  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000636082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0032  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000439194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0062  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000778147  normal  0.022465 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0062  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1997  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0001  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0059  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00107174  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0060  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00115408  normal  0.0927099 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4221  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.30182e-16  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>