298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_R0024 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_R0024  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.746229  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0063  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0010  tRNA-Ala  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0026  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.635837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0088  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0079  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520494  normal  0.417103 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0013  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0080  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.755627  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0089  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0020  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 73 bp  103  6e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.342024  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0012  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0049  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0254858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0027  tRNA-Ala  93.94 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.392789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0011  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4330  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0022  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0994  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0502689  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0001  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0043  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0640693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0016  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000104891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0022  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0053  tRNA-Ala  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0071  tRNA-Ala  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0055  tRNA-Ala  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0059  tRNA-Ala  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0019  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.495919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0086  tRNA-Ala  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0087  tRNA-Ala  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.456673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0054  tRNA-Ala  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0039  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.575536  normal  0.4318 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.435087  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0047  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.739018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0023  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.756244  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0057  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.185628  hitchhiker  0.000293533 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0062  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0469123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0025  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0023  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0016  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.262033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0072  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.064194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0067  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000523585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0057  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.117051  hitchhiker  0.00489854 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla03  tRNA-Ala  97.62 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0049  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.566617 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAlaVIMSS1309124  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.127335  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0036  tRNA-Ala  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000174487 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0028  tRNA-Ala  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000126032  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0081  tRNA-Ala  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.659865  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0055  tRNA-Ala  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0229189  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0054  tRNA-Ala  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0194635  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00040  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0035  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000057464  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0036  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04529  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000000942406  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2646  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0177514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2555  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000235232  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0002  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.381422  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0052  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.786637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0002  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0027  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  0.00000000000168426  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0030  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000620846  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0002  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0004    86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.887473 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0041  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00270764  hitchhiker  0.00379847 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0029  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0058  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000693286  normal  0.541415 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0014  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  0.000000000183317  normal  0.441681 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2604  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0335338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2603  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0323459  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2645  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0670079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5048  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000423557  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1456  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00170878  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0010  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.100058 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0005  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2547  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.03374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2546  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0594848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0004  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0002  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.778996  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0054  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.612853 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2969  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0013859  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2968  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00156309  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0029  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000636082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0032  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000439194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0003  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0157571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0059  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00107174  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0004  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0064  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.478576 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0062  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1790  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.215677  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2670  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0060  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00115408  normal  0.0927099 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2246  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5047  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000162268  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4680  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267016  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1300  hypothetical protein  86.84 
 
 		 147 bp  71.9  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00987773  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1301  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00804048  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0040  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00260551  hitchhiker  0.00377232 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>