299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_R0039 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_R0039  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.575536  normal  0.4318 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0025  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0089  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0080  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.755627  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0012  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0079  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520494  normal  0.417103 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0013  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0088  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0002  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0013  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00398337 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0004  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla03  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 79 bp  99.6  9e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0039  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0016  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000104891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0038  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000224976  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna17  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna15  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.888051  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0054  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000876029  normal  0.742043 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0058  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000693286  normal  0.541415 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0025  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.678312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4330  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0043  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0640693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0001  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0056  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000771632  normal  0.557555 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0022  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0994  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0502689  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0022  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.331538  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0035  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0036  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0002  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t01  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.126488  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0047  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.739018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0063  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0075  tRNA-Ala  96 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.00000000000000858856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0028  tRNA-Ala  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000126032  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0055  tRNA-Ala  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0229189  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0036  tRNA-Ala  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000174487 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0049  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.123188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6047  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6015  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0075  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.555179 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0002  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.381422  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6008  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.458315 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0004    88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.887473 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0029  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0029  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0737058 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R34  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0022  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0051  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.118722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0033  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.106425 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0031  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0725806 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0047  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.055133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0010  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.100058 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0018  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00619278  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0008  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.224087 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0049  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.306832 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0005  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0004  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0002  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.778996  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0025  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.114499  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA1  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.586426 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0062  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.259721  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0021  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000859233  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0071  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.735221 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0073  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.555179 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0019  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.218874 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0056  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000003137  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0024  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.746229  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0044  tRNA-Ala  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0081  tRNA-Ala  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.659865  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2246  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2332  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0355369  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1790  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.215677  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1456  tRNA-Ala  92.45 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00170878  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00508313  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t37  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.295961  normal  0.0193801 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t39  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.304224  normal  0.0192594 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t41  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0706595  normal  0.0191352 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAlaVIMSS1309124  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.127335  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0020  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000865622  hitchhiker  2.9719399999999996e-20 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0023  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000263771  hitchhiker  0.000576138 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0091  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000036342  hitchhiker  0.00439232 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t62  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.132362  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA15  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.140136  normal  0.0102335 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0038  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0008  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000983847  hitchhiker  0.000163043 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA50  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000979507  normal  0.305106 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA6  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0168581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA72  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000170851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R3  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00599738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R43  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000550301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R58  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000367704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R79  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000916269  hitchhiker  0.00756682 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R92  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000124955  normal  0.753041 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0060  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000273656  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0041  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0011  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000293397  hitchhiker  0.000919348 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0006  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0860739  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0011  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.193139  normal  0.133058 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>