299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_R0013 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_R0012  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0089  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0088  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0079  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520494  normal  0.417103 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0080  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.755627  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0043  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0640693  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0994  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0502689  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4330  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0022  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0001  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0016  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000104891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0047  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.739018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0013  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00398337 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0004    94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.887473 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0029  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA1  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.586426 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0010  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.100058 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0002  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0005  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0004  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0002  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.778996  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0025  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.114499  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0056  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000003137  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0004  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0002  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.381422  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0025  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0039  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.575536  normal  0.4318 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0063  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0039  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0025  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.678312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0022  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna17  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna15  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.888051  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0035  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0036  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0038  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000224976  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0024  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.746229  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_006368  lppt28  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt28  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1456  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00170878  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2332  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0355369  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2246  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1790  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.215677  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0022  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0062  tRNA-Ala  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.374737  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla03  tRNA-Ala  98.11 
 
 		 79 bp  97.6  4e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0023  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.756244  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0023  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0049  tRNA-Ala  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0254858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0026  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.635837  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00040  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0035  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000057464  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0036  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2740  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000025557  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04531  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000151858  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0054  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000876029  normal  0.742043 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t070  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0058  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000693286  normal  0.541415 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2546  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0594848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4680  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4679  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000870415  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0027  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  0.00000000000168426  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0030  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000620846  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0079  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000115444  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0041  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00270764  hitchhiker  0.00379847 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0040  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00260551  hitchhiker  0.00377232 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2547  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.03374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0075  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0002  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0076  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5048  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000423557  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0078  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000423049  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0062  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1995  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0064  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.478576 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1997  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0022  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.331538  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1301  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00804048  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0059  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00107174  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0032  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000439194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0077  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000406262  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0062  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000778147  normal  0.022465 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0064  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000617351  normal  0.0220533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0062  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000770874  normal  0.663718 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0064  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000015576  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0028  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000126032  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5047  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000162268  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0056  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000771632  normal  0.557555 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0060  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000591053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0062  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000152195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0014  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  0.000000000183317  normal  0.441681 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0087  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00553547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0089  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0027987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0091  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000134168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0093  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000010191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0098  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000110088  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>