282 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_R0054 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010424  Daud_R0054  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0049  tRNA-Ala  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0254858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0063  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0011  tRNA-Ala  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0010  tRNA-Ala  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0964882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0010  tRNA-Ala  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0024  tRNA-Ala  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.746229  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0020  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.342024  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0053  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0071  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0057  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0047  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00354694  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0046  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137197 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0026  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.635837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0027  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.392789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0055  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0038  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59206  normal  0.592226 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0086  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0087  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.456673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0022  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0054  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0194635  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0013  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619108  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0079  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520494  normal  0.417103 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0080  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.755627  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0089  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0088  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0013  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0012  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0019  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000122889  normal  0.598483 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0024  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134353 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0049  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.566617 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0022  tRNA-Ala  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0081  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.659865  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0049  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.306832 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0062  tRNA-Ala  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.374737  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0022  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2332  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0355369  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0994  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0502689  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4330  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0068  tRNA-Ala  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.781599  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0020  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000127781  normal  0.601367 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1456  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00170878  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0001  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0043  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0640693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0016  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000104891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1790  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.215677  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0019  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000697155  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2246  tRNA-Ala  90.38 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0022  tRNA-Ala  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.734931  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0031  tRNA-Ala  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0011  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0002  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00508313  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0036  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000174487 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0066  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0029  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.180945  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0020  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000865622  hitchhiker  2.9719399999999996e-20 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0061  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.284612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0055  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0229189  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0019  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.495919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0042  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0062  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0028  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000126032  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6015  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0048  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.152542 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0028  tRNA-Ala  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0084  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0057  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.646695 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0065  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0073  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.153507 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0004  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0028446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla03  tRNA-Ala  92.68 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6008  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.458315 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08330  tRNA-Ala  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0848374 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3211  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000514426  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000000000354338  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4680  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267016  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0066  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.00000000000021471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0029  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0993455  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4679  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000870415  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5047  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000162268  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0029  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000636082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0032  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000439194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2540  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.0000814865  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0092  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.00000000000431101  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2486  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000314441  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2008  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0040  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.570162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2101  hypothetical protein  88.46 
 
 		 228 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000210975  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>