298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_R0054 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_R0054  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0194635  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0011  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0049  tRNA-Ala  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0254858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0022  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.409471 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0022  tRNA-Ala  96 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0010  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0063  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0047  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00129328  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0994  tRNA-Ala  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0502689  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0022  tRNA-Ala  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2246  tRNA-Ala  94 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0062  tRNA-Ala  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.374737  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1456  tRNA-Ala  94 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00170878  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0022  tRNA-Ala  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2332  tRNA-Ala  94 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0355369  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0019  tRNA-Ala  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000697155  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0018  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.245872  normal  0.0354959 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0016  tRNA-Ala  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000104891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1790  tRNA-Ala  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.215677  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0024  tRNA-Ala  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.746229  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0002  tRNA-Ala  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0047  tRNA-Ala  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00354694  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0027  tRNA-Ala  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.260032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0027  tRNA-Ala  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0054  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0024  tRNA-Ala  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134353 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0035  tRNA-Ala  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.222164  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00040  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0035  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000057464  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0036  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2486  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000314441  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0041  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00270764  hitchhiker  0.00379847 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2008  tRNA-Ala  92 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04529  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000000942406  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_003295  RS04531  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000151858  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4680  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267016  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0028  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.000000000102756  hitchhiker  0.00235863 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0043  tRNA-Ala  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0640693  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000000000354338  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0040  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00260551  hitchhiker  0.00377232 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0058  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  unclonable  0.000000000000357472  normal  0.478437 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2604  tRNA-Ala  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0335338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2968  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00156309  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0027  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  0.00000000000168426  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0030  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000620846  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0044  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2646  tRNA-Ala  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0177514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2625  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000251255  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2626  hypothetical protein  92 
 
 		 1470 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.00000000164664  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2554  tRNA-Ala  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000251345  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0059  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00107174  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4330  tRNA-Ala  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0066  tRNA-Ala  92 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.00000000000021471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0062  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0029  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0993455  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1985  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000056627  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4597  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2969  tRNA-Ala  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0013859  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2603  tRNA-Ala  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0323459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2101  hypothetical protein  92 
 
 		 228 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000210975  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2669  tRNA-Ala  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0016  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.320664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0045  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000205649  normal  0.101585 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2645  tRNA-Ala  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0670079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2670  tRNA-Ala  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0029  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000636082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0032  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000439194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4679  tRNA-Ala  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000870415  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2555  tRNA-Ala  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000235232  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0064  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.478576 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0092  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.00000000000431101  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0028  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  unclonable  0.0000000000000054137  normal  0.608945 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0187  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1375  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00000019852  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2547  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.03374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0001  tRNA-Ala  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2540  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.0000814865  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1301  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00804048  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0058  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000000348439  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0020  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.342024  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1300  hypothetical protein  92 
 
 		 147 bp  67.9  0.0000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00987773  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0056  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000000000305477  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0026  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.635837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0027  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.392789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2546  tRNA-Ala  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0594848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0060  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00115408  normal  0.0927099 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2775  tRNA-Ala  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.466623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2776  tRNA-Ala  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.453071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0022  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.60497 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0050  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000000169071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0058  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.000000000000613252  normal  0.244453 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0040  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.570162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0051  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.697724  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0048  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.358274  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5048  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000423557  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5047  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000162268  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0014  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  0.000000000183317  normal  0.441681 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>