More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0024 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0024  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134353 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04600  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0047  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00354694  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08330  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0848374 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0048  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.152542 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0019  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0023  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0032  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0002  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.552178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0456  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0384853  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0040  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2321  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0035  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1523  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2257  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.124846  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2238  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1510  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2188  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2157  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0077  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.329264  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2231  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0153  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0507  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0352051  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0053  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1274  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0033  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1705  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1712  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1725  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.67576  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0047  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.119582  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0114  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000837994  normal  0.210709 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0071  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000197346  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0103  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0320244  normal  0.194371 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0023  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0142272 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0035  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000225526  normal  0.205533 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0085  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000688408  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0045  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0048  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00170622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0040  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000000974841  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0036  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.274154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0461  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.689398  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0049  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0254858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1464  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0041  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0518  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00080  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000907858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28340  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.146579 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0002  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000555494 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0054  tRNA-Ala  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0194635  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0022  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0030  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000491237  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0044  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000237327  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6008  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.458315 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0002  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0084  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0057  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.646695 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0065  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0073  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.153507 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0004  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0028446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0054  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6015  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0010  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0029  tRNA-Ala  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.180945  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0042  tRNA-Ala  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0028  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0062  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.374737  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2332  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0355369  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2246  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0022  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0994  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0502689  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1456  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00170878  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0063  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0019  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000697155  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0022  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0016  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000104891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0019  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.495919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1790  tRNA-Ala  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.215677  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6047  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0010  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.520164  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0003  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0018  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00619278  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0008  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.224087 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0049  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.306832 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0037  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000412611  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0069  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0065  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0054  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.755946  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0033  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.362537  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>