More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_R0062 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_R0076  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t070  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1995  tRNA-Ala  100 
 
 		 78 bp  151  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R32  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0078  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000423049  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4221  tRNA-Ala  100 
 
 		 78 bp  151  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.30182e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1997  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0077  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000406262  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0062  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000778147  normal  0.022465 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0064  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000617351  normal  0.0220533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0062  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000770874  normal  0.663718 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0064  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000015576  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0079  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000115444  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2740  tRNA-Ala  100 
 
 		 78 bp  151  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000025557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0060  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000591053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0062  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000152195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4222  tRNA-Ala  100 
 
 		 78 bp  151  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.27944e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0075  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60530  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.47685  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60510  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25765  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23570  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.981863  normal  0.0268964 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t072  tRNA-Ala  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0082  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150663  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0079  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000189125  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0100  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000335947  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0103  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000350392  normal  0.115609 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0053  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.522841 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0049  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.661163 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0088  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000415947  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0091  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000846369  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0051  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.517344 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t044  tRNA-Ala  97.33 
 
 		 76 bp  133  6e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000983341  normal  0.0210238 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t040  tRNA-Ala  97.33 
 
 		 76 bp  133  6e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000397892  normal  0.0209012 
 
 
-
 
NC_006368  lppt28  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt28  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0075  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179724  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3626  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00292958  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00039  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000221447  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00040  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2968  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00156309  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0014  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  0.000000000183317  normal  0.441681 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2670  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0035  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000057464  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0036  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0059  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00107174  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_003295  RS04529  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000000942406  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_003295  RS04531  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000151858  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0060  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00115408  normal  0.0927099 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2459  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0115625  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0002  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.381422  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0064  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.478576 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3627  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00311856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0027  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  0.00000000000168426  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0030  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000620846  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0017  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.0000742006  normal  0.411264 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0004    94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.887473 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0056  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0181776  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0041  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00270764  hitchhiker  0.00379847 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0029  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2969  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0013859  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0060  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0168409 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0041  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.148903  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2669  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2603  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0323459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0010  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.100058 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA1  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.586426 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5047  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000162268  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0005  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0062  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0062  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0025  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.114499  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4597  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0004  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0002  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.778996  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0029  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000636082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0032  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000439194  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0050  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.21974  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0056  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000003137  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0051  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138749  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2547  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.03374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2546  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0594848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0040  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00260551  hitchhiker  0.00377232 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5048  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000423557  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0087  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00553547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0089  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0027987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0091  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000134168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0093  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000010191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0098  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000110088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4680  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267016  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0042  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.153613  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2604  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0335338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2645  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0670079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1300  hypothetical protein  94.74 
 
 		 147 bp  119  9.999999999999999e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00987773  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1301  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00804048  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2646  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0177514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2554  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000251345  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2775  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.466623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2555  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000235232  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2776  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.453071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4679  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000870415  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>