299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_R0029 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010814  Glov_R0029  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.180945  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0042  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00508313  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0020  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000865622  hitchhiker  2.9719399999999996e-20 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0055  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0229189  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0028  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000126032  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0036  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000174487 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0066  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0285169  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0022  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0062  tRNA-Ala  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.374737  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0008  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.52636  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4222  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.27944e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1997  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t070  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0077  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000406262  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0075  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1995  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0076  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0049  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.661163 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0079  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000115444  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R32  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0022  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0007  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.682382  normal  0.836798 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0008  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0607736  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0047  tRNA-Ala  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00354694  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2740  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000025557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0096  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000883074  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0078  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000423049  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4221  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.30182e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0062  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000778147  normal  0.022465 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0064  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000617351  normal  0.0220533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0062  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000770874  normal  0.663718 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0064  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000015576  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0111  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000942112  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0008  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.142528  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0060  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000591053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0062  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000152195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0053  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.522841 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0051  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.517344 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0031  tRNA-Ala  95.74 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0723333  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0022  tRNA-Ala  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0994  tRNA-Ala  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0502689  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2332  tRNA-Ala  92.59 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0355369  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0016  tRNA-Ala  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000104891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1790  tRNA-Ala  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.215677  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2246  tRNA-Ala  92.59 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1456  tRNA-Ala  92.59 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00170878  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t072  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0081  tRNA-Ala  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.659865  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0094  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000040365  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0104  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000207184  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23570  tRNA-Ala  90.16 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.981863  normal  0.0268964 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60530  tRNA-Ala  90.16 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.47685  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60510  tRNA-Ala  90.16 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25765  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0013  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0055  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000025235  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0053  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0082  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000150663  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0088  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000415947  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0091  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000846369  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0071  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0103  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000350392  normal  0.115609 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0100  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000335947  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0079  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000189125  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0026  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.635837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0027  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.392789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0015  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.176699  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0086  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0087  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.456673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0055  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t044  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000983341  normal  0.0210238 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0028  tRNA-Ala  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t040  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000397892  normal  0.0209012 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4330  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0001  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla03  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0043  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0640693  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0024  tRNA-Ala  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134353 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0075  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179724  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0032  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0017  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3137t  tRNA-Ala  88.52 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00236079  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0022  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0140514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0025  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0134622  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0036  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04529  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000000942406  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0557  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0563  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0027  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  0.00000000000168426  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0030  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000620846  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0064  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.478576 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0062  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0029  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000636082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0032  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000000439194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0002  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00133969  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0009  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0632533  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0017  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0175356  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0024  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.022651  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>