216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1359 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1359  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0043  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0053  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000600525 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0029  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.978783  normal  0.786802 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0003  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10591  normal  0.264536 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0043  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30530  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.601239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0052  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19780  tRNA-Ala  97.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01010  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0047  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.875026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0019  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.23026 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna086  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000772007  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2834  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.0000118902  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1441  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000019523  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0013  tRNA-Ala  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00398337 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0044  tRNA-Ala  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331518  normal  0.880519 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000058592  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t11  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.089356  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0030  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0026  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.583187  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0013  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0022  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.796952  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0048  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0971605  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0040  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0793  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0047  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.496428  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0057  tRNA-Ala  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.117051  hitchhiker  0.00489854 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0023  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.756244  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0054  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000229051  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0052  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.786637  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0043  tRNA-Ala  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0021  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0045  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0148496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t02  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0460294  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t18  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000569276  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0008  tRNA-Ala  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.594698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0018  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.916069 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0048  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000617749  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0027  tRNA-Val  94.59 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.532393  normal  0.247414 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0058  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000131227  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0054  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.612853 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0020  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.342024  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0012  tRNA-Val  94.59 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.230814  normal  0.0269943 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0045  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0019  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.495919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0040  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.403518  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0056  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000000109894  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0024  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.746229  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0042  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.23769  normal  0.415289 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0054  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0045  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.215104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0050  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00234368 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0049  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000594982  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0042  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0049  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.576972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0023  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.265478  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0053  tRNA-Ala  89.8 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0157571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6031  tRNA-Val  94.59 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.54533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0023  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0033  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3137t  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00236079  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0044  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0096  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000883074  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0023  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.592453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0016  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000587124  normal  0.11774 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0027  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000535173  decreased coverage  0.000361063 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0111  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000942112  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0017  tRNA-Ala  86.54 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6035  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0015496  normal  0.392625 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0048  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.544704  hitchhiker  0.00053111 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0056  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0061  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0526  tRNA-His  100 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000639476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t04  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0011  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0013  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0487  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.112524  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tHis01  tRNA-His  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000397081  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAAlaVIMSS1309372  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.272937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0007  tRNA-Pro  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0101042 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1552  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0046  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0258027  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0051  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00326143  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0016  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.262033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0057  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.185628  hitchhiker  0.000293533 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0062  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0469123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0067  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000523585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0072  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.064194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4711  tRNA-His  100 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.57467e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00488  tRNA-His  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0030  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0857706 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0041  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>