254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cag_t02 on replicon NC_007514
Organism: Chlorobium chlorochromatii CaD3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007512  Plut_R0021  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t02  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0460294  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0054  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  145  2e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000229051  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0054  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  145  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0049  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.576972  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0058  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  145  2e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000131227  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0056  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000000109894  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0010  tRNA-Ala  98.33 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.172147  normal  0.574925 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0003  tRNA-Ala  93.15 
 
 
73 bp  105  1e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10591  normal  0.264536 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  91.78 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19780  tRNA-Ala  91.78 
 
 
73 bp  97.6  3e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0011  tRNA-Ala  95.08 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00874285  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32630  tRNA-Ala  91.78 
 
 
73 bp  97.6  3e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.319038  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23850  tRNA-Ala  95.08 
 
 
73 bp  97.6  3e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  91.78 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0017  tRNA-Ala  95.08 
 
 
76 bp  97.6  3e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0019  tRNA-Ala  90.41 
 
 
76 bp  89.7  8e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.23026 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0047  tRNA-Ala  90.41 
 
 
73 bp  89.7  8e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.875026  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0054  tRNA-Ala  91.8 
 
 
73 bp  81.8  0.00000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.243452  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  89.04 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13160  tRNA-Ala  91.8 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.10655  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0019  tRNA-Ala  87.67 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  87.67 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0043  tRNA-Ala  87.67 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0017  tRNA-Ala  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0012  tRNA-Thr  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.337917 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0048  tRNA-Ala  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0971605  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  86.3 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14015  tRNA-Ala  88.52 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00298492  normal  0.41958 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0042  tRNA-Ala  88.52 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  86.3 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0023  tRNA-Ala  88.52 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.265478  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0045  tRNA-Ala  88.52 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0042  tRNA-Ala  88.52 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.23769  normal  0.415289 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0004  tRNA-Ala  89.83 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.105079 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0008  tRNA-Thr  87.93 
 
 
73 bp  60  0.00000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.443897  hitchhiker  0.0012739 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.177438  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0011  tRNA-Thr  87.72 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_265  tRNA-Ala  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0005  tRNA-Ala  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0044  tRNA-Ala  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.695473  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0002  tRNA-Ala  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0053  tRNA-Ala  84.93 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000600525 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  87.72 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1366  tRNA-Thr  90.91 
 
 
73 bp  56  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0024  tRNA-Thr  87.5 
 
 
76 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58710  tRNA-Thr  88.46 
 
 
73 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0410722  normal  0.504047 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  87.5 
 
 
76 bp  56  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5158  tRNA-Thr  88.46 
 
 
76 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65124  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2353  tRNA-Ala  88.24 
 
 
78 bp  54  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02400  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-6  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0958058  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0049  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0006  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.829579  hitchhiker  0.00518184 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0041  tRNA-Thr  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  54  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0052  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60150  tRNA-Thr  88.24 
 
 
73 bp  54  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0037  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0049  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.695027  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  54  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0014  tRNA-Ala  88.24 
 
 
73 bp  54  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32560  tRNA-Thr  90.7 
 
 
76 bp  54  0.000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0022  tRNA-Ala  88.24 
 
 
73 bp  54  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0006  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00470986 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0003  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3144  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0038  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.644125  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0325  tRNA-Val  100 
 
 
73 bp  54  0.000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.241533  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0003  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.245807  unclonable  0.00000000000471702 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0019  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0019  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.189321  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0028  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.324355 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3180  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0067  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.840487  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3896  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.998129  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3815  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216793  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0002  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0006  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0006  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0004  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0023  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  54  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0020  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0587495  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0060  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.367412  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1746  tRNA-Ala  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0049  tRNA-Ala  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00105958  hitchhiker  0.000875041 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0025  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0010  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0057492  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0005  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.352047  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0005  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00314904 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0011  tRNA-Thr  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0010  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.407573  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>