263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_R0013 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_R0026  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.583187  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0013  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t11  tRNA-Val  98.33 
 
 		 73 bp  111  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.089356  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0047  tRNA-Val  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.496428  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0022  tRNA-Val  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.796952  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0793  tRNA-Val  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6035  tRNA-Val  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0015496  normal  0.392625 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4591  tRNA-Val  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0012  tRNA-Val  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0013  tRNA-Val  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0776  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.522118  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6031  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.54533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0053  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000600525 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0027  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.532393  normal  0.247414 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0012  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.230814  normal  0.0269943 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0325  tRNA-Val  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.241533  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16710  tRNA-Val  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.879903  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0040  tRNA-Val  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.184579  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0037  tRNA-Val  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1359  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0043  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00017  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000192994  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00019  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000148305  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00020  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000893076  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00021  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000923528  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00044  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000150882  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0031  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000115429  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0054  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000153086  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0055  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000177997  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0058  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0060  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.42893e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t13  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000197803  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t15  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00592778  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t23  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.806894 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0025  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.469225  normal  0.082047 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00467  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4251  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000189937  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0087  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000568391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5052  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000715976  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t13  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.741896  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t52  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.412315  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5023  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198459  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA11  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00000000654973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA23  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4253  tRNA-Lys  100 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  4.87819e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R72  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.564318  normal  0.506273 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00251  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0039  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.219334  normal  0.700265 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4250  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000179224  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4248  tRNA-Lys  100 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000404741  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06830  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0393  tRNA-Val  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0023  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483776  normal  0.0816799 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4252  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000173353  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0039  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.722493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0040  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.710582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0031  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.25441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5022  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000229653  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2046  tRNA-Lys  100 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000370287  hitchhiker  0.00336958 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0024  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.143684  normal  0.454789 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0060  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00703391  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0061  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00295696  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0054  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104235  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0055  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000306269  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0056  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000278009  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0057  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000124727  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0058  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000115493  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0059  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000128133  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0063  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000807703  normal  0.539027 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0084  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000347447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0056  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000735522  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0049  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000590411  decreased coverage  0.00000280751 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4239  tRNA-Lys  100 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00412423  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4226  tRNA-Lys  100 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000108643  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0025  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148774  normal  0.456967 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0065  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000203658  normal  0.402163 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4247  tRNA-Lys  100 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000042551  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0019  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.870164 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0032  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0037  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000000657367  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0038  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000329533  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4659  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  8.951839999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4657  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.396889999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4655  tRNA-Lys  100 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  8.59319e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4660  tRNA-Lys  100 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.11514e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4661  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000171362  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5020  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000079938  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1400  tRNA-Lys  100 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00524928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4684  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.3682299999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0036  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000225732  normal  0.109866 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0038  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000184687  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0039  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375421  normal  0.109121 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0040  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000351036  normal  0.107458 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0064  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000662129  normal  0.0840838 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>