More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_t13 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_R0025  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.469225  normal  0.082047 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0019  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  145  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.870164 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0006  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  145  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t13  tRNA-Lys  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000197803  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t15  tRNA-Lys  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00592778  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t23  tRNA-Lys  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.806894 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0039  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.219334  normal  0.700265 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0023  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483776  normal  0.0816799 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0013  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  145  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671128  normal  0.694866 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0084  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0073  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115368  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0030  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.692876  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0065  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.448477  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0028  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.252737  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60410  tRNA-Lys  98.63 
 
 
73 bp  137  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.200595  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4531  tRNA-Lys  98.63 
 
 
78 bp  137  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5178  tRNA-Lys  98.63 
 
 
78 bp  137  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.847952  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t13  tRNA-Lys  98.63 
 
 
76 bp  137  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.741896  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t52  tRNA-Lys  98.63 
 
 
76 bp  137  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.412315  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA11  tRNA-Lys  98.63 
 
 
76 bp  137  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00000000654973  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA23  tRNA-Lys  98.63 
 
 
76 bp  137  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R72  tRNA-Lys  98.63 
 
 
76 bp  137  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.564318  normal  0.506273 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R83  tRNA-Lys  98.63 
 
 
76 bp  137  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000115902  normal  0.137047 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60080  tRNA-Lys  98.63 
 
 
73 bp  137  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.662949  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51660  tRNA-Lys  98.63 
 
 
73 bp  137  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  9.69309e-16  hitchhiker  0.000488803 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60150  tRNA-Lys  98.63 
 
 
73 bp  137  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000526914  hitchhiker  0.0000000110611 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0056  tRNA-Lys  97.26 
 
 
76 bp  129  9.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000735522  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0065  tRNA-Lys  97.26 
 
 
76 bp  129  9.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000203658  normal  0.402163 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0063  tRNA-Lys  97.26 
 
 
76 bp  129  9.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000807703  normal  0.539027 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0023  tRNA-Lys  98.63 
 
 
75 bp  129  9.000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000728017  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0024  tRNA-Lys  98.63 
 
 
75 bp  129  9.000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000367183  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0025  tRNA-Lys  98.63 
 
 
75 bp  129  9.000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000379634  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0054  tRNA-Lys  97.26 
 
 
76 bp  129  9.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104235  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0055  tRNA-Lys  97.26 
 
 
76 bp  129  9.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000306269  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0056  tRNA-Lys  97.26 
 
 
76 bp  129  9.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000278009  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0057  tRNA-Lys  97.26 
 
 
76 bp  129  9.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000124727  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0058  tRNA-Lys  97.26 
 
 
76 bp  129  9.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000115493  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0059  tRNA-Lys  97.26 
 
 
76 bp  129  9.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000128133  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0037  tRNA-Lys  97.26 
 
 
76 bp  129  9.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000000657367  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0038  tRNA-Lys  97.26 
 
 
76 bp  129  9.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000329533  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0043  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216676  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0048  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000292562  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0046  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000070452  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0044  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000104273  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0047  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000310964  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0042  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000170718  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t055  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t056  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t057  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t058  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t059  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t061  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t062  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0055  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000238115  normal  0.540083 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0033  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000129521  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0049  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000000179433  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0050  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000934403  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0051  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000803834  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0052  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000072516  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0053  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000893236  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0054  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000651071  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0030  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000178627  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0107  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000698154  normal  0.146061 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0108  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000827722  normal  0.14321 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0109  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000069936  normal  0.146061 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0110  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000341458  normal  0.142626 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0111  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000430182  normal  0.144334 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0112  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000430182  normal  0.144334 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0113  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000430182  normal  0.143797 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0107  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00061714  normal  0.366999 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0108  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000148558  normal  0.368852 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0109  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000145947  normal  0.372291 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0110  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000275049  normal  0.380148 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0111  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000310231  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0112  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000279278  normal  0.38206 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0104  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000434862  normal  0.0180264 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0105  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000121754  normal  0.0191559 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0106  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000745947  normal  0.0185833 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0107  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000134786  normal  0.0180264 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0108  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000143364  normal  0.0180264 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0109  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000013008  normal  0.0178475 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0110  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000621633  normal  0.0176654 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0079  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000144555  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0080  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000136157  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0081  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000158671  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0082  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000158671  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0083  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000154707  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0084  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000130552  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0085  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000201429  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0086  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000000910147  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0031  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000370273  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0032  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000864577  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0034  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000104343  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0035  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000579305  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0037  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000625887  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0038  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000589409  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0039  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000604757  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0050  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000187157  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0051  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000189133  normal  0.357314 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0052  tRNA-Lys  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000421031  normal  0.358949 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>