More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_R0058 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_R0063  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000807703  normal  0.539027 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0065  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000203658  normal  0.402163 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0056  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000735522  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0054  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104235  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0055  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000306269  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0056  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000278009  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0057  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000124727  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0058  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000115493  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0059  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000128133  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0037  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000000657367  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0038  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000329533  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0035  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000175048  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0053  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000146431  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0088  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000306193  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0086  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00012503  hitchhiker  0.0000186096 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0090  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000915289  hitchhiker  0.0000163349 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0044  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000104273  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0042  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000170718  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0091  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000104721  hitchhiker  0.0000161903 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0052  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000174951  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0057  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000213052  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0058  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00019303  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0084  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00327095  hitchhiker  0.0000181204 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0031  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000137565  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0089  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000010371  hitchhiker  0.0000166205 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0034  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000147574  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0033  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000129521  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0030  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000178627  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0032  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000114848  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t055  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t056  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t057  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t058  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t059  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t061  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t062  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0054  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000051656  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0056  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000048779  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0055  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000052082  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0052  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000421031  normal  0.358949 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0055  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000238115  normal  0.540083 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0056  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000234634  normal  0.534543 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0049  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000000179433  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0050  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000934403  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0051  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000803834  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0052  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000072516  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0053  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000893236  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0054  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000651071  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0046  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000070452  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0045  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000121203  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0043  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216676  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0092  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000507659  hitchhiker  0.0000169111 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0048  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000292562  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0047  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000310964  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0054  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000247004  normal  0.542082 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0053  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000170712  normal  0.532775 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0051  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000189133  normal  0.357314 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0107  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000698154  normal  0.146061 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0108  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000827722  normal  0.14321 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0109  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000069936  normal  0.146061 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0110  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000341458  normal  0.142626 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0111  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000430182  normal  0.144334 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0112  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000430182  normal  0.144334 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0113  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000430182  normal  0.143797 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0107  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00061714  normal  0.366999 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0108  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000148558  normal  0.368852 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0109  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000145947  normal  0.372291 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0110  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000275049  normal  0.380148 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0111  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000310231  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0112  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000279278  normal  0.38206 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0113  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000217944  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0087  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000134048  hitchhiker  0.0000184491 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0085  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00125  hitchhiker  0.0000186096 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0104  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000434862  normal  0.0180264 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0105  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000121754  normal  0.0191559 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0106  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000745947  normal  0.0185833 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0107  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000134786  normal  0.0180264 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0108  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000143364  normal  0.0180264 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0109  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000013008  normal  0.0178475 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0110  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000621633  normal  0.0176654 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0079  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000144555  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0080  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000136157  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0081  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000158671  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0082  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000158671  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0083  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000154707  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0084  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000130552  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0085  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000201429  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0086  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000000910147  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0031  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000370273  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0032  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000864577  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0034  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000104343  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0035  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000579305  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0037  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000625887  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0038  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000589409  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0039  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000604757  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0050  tRNA-Lys  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000187157  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t090  tRNA-Lys  98.67 
 
 
76 bp  141  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000037154  hitchhiker  0.000259017 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t088  tRNA-Lys  98.67 
 
 
76 bp  141  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000310534  hitchhiker  0.000253911 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t085  tRNA-Lys  98.67 
 
 
76 bp  141  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00011533  hitchhiker  0.000266303 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t087  tRNA-Lys  98.67 
 
 
76 bp  141  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000334227  hitchhiker  0.000259017 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>