299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_R0012 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0013  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0014  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4591  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0012  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0010  tRNA-Val  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.564067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0776  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.522118  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0047  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.496428  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0022  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.796952  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0793  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t11  tRNA-Val  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.089356  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0077  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000297609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0062  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673345  normal  0.0836086 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0036  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.457558 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0048  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0040  tRNA-Val  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.184579  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0043  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0042  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.965777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0066  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.894934  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0048  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.253759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0047  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0051  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.472837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0037  tRNA-Val  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000198123  normal  0.111595 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0061  tRNA-Val  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599859  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0059  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412801  normal  0.045511 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6035  tRNA-Val  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0015496  normal  0.392625 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0078  tRNA-Val  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0050  tRNA-Val  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717049  hitchhiker  0.0000186152 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0036  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0079  tRNA-Val  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000280112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0058  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000337816  normal  0.447594 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0393  tRNA-Val  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1374  tRNA-Val  89.19 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.110948 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Val-2  tRNA-Val  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0037  tRNA-Val  90.16 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0325  tRNA-Val  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.241533  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0026  tRNA-Val  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.583187  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0013  tRNA-Val  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0046  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0053  tRNA-Val  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0025  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000570702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0038  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000120227  normal  0.246953 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0026  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000263702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0040  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000028212  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0020  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000221319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0026  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00233079  normal  0.0590774 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0028  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840048 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0023  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109055  hitchhiker  0.00000350688 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0072  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0117931  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0089  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000177778  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0090  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0064  tRNA-Val  88.73 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0014  tRNA-Val  87.18 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0001  tRNA-Val  87.84 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0065  tRNA-Val  86.84 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0064  tRNA-Val  86.84 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.614158  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4328  tRNA-Val  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0047  tRNA-Val  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0462581  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0045  tRNA-Val  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000126264 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0032  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.632823 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0024  tRNA-Val  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.540332 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0014  tRNA-Val  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.167112  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Val-2  tRNA-Val  86.49 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0033  tRNA-Val  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0023  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0696683  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0023  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0053  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0873696  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0027  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0167749  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0008  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0953331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0032  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.2035  normal  0.168105 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0037  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.344221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0051  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0024  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.469275  hitchhiker  0.0000034793 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0021  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000106448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0034  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000564918  normal  0.218531 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0067  tRNA-Val  89.8 
 
 		 70 bp  58  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0023  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.169175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309282  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.127609 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0014  tRNA-Val  86.3 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.509496  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309290  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0004  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0020  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0011  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0027  tRNA-Val  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00584836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0038  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0835674  normal  0.174282 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0046  tRNA-Val  89.58 
 
 		 68 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0026  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.445313  normal  0.0911623 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAAlaVIMSS1309089  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAlaVIMSS1309140  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAAlaVIMSS1309204  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.72887  normal  0.842293 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAAlaVIMSS1309163  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>