299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_R0043 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_R0048  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0047  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0051  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.472837  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0066  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.894934  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0043  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0042  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.965777  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0048  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.253759  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0036  tRNA-Val  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.457558 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0036  tRNA-Val  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0026  tRNA-Val  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.445313  normal  0.0911623 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0077  tRNA-Val  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000297609  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0029  tRNA-Val  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0062  tRNA-Val  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673345  normal  0.0836086 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0014  tRNA-Val  94.52 
 
 
72 bp  105  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.509496  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0393  tRNA-Val  92.96 
 
 
76 bp  101  2e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0050  tRNA-Val  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717049  hitchhiker  0.0000186152 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0079  tRNA-Val  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000280112  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0078  tRNA-Val  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0067  tRNA-Val  100 
 
 
70 bp  99.6  9e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0046  tRNA-Val  100 
 
 
68 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2843  hypothetical protein  92.11 
 
 
399 bp  95.6  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0331098  normal  0.0204354 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0059  tRNA-Val  92.11 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412801  normal  0.045511 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0054  tRNA-Val  92.11 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.041835  normal  0.0189876 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0325  tRNA-Val  94.92 
 
 
73 bp  93.7  5e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.241533  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0037  tRNA-Val  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000198123  normal  0.111595 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0061  tRNA-Val  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599859  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0037  tRNA-Val  90.41 
 
 
73 bp  89.7  9e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0014  tRNA-Val  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA42  tRNA-Val  96.08 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  88.57 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09370  tRNA-Val  94.34 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.12642  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0010  tRNA-Val  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.564067  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0058  tRNA-Val  88.16 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000337816  normal  0.447594 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0037    94.12 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.458028  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0032  tRNA-Val  94.12 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0014  tRNA-Val  87.18 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0033  tRNA-Val  94.12 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.42496  normal  0.471878 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0064  tRNA-Val  88.73 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192566  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0047  tRNA-Val  94.12 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.280902  normal  0.182709 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0038  tRNA-Val  94.12 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.129707  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Val-2  tRNA-Val  92 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0065  tRNA-Val  86.84 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0064  tRNA-Val  86.84 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.614158  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0020  tRNA-Val  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00000915512  hitchhiker  0.000000256884 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2737  tRNA-Val  91.67 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000828053  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4225  tRNA-Val  91.67 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000236439  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0015  tRNA-Val  91.67 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129516  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4223  tRNA-Val  91.67 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000199522  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0915  tRNA-Val  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.118093  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2738  tRNA-Val  91.67 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000778313  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0016  tRNA-Val  91.67 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000137967  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0017  tRNA-Val  91.67 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103702  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4224  tRNA-Val  91.67 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000021788  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0033  tRNA-Val  86.49 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Val-2  tRNA-Val  86.49 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0013  tRNA-Val  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0023  tRNA-Val  85.71 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0696683  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0037  tRNA-Val  85.71 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104744  normal  0.385221 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4591  tRNA-Val  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0012  tRNA-Val  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0023  tRNA-Val  85.71 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0055  tRNA-Val  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0368844  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0014  tRNA-Val  96.97 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.328994 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-2  tRNA-Val  86.67 
 
 
76 bp  56  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0070  tRNA-Val  86.67 
 
 
76 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.817758 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0032  tRNA-Val  86.67 
 
 
76 bp  56  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.632823 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0061  tRNA-Val  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.03181 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0020  tRNA-Val  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495031  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16710  tRNA-Val  87.3 
 
 
77 bp  54  0.000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.879903  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00018  tRNA-Val  84.29 
 
 
76 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000172255  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00043  tRNA-Val  84.29 
 
 
76 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000135072  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0032  tRNA-Val  84.29 
 
 
76 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121865  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0034  tRNA-Val  84.29 
 
 
76 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000138641  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0057  tRNA-Val  84.29 
 
 
76 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000177997  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4683  tRNA-Val  84.29 
 
 
78 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.66609e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2556  tRNA-Val  84.29 
 
 
78 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000389314  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5050  tRNA-Val  84.29 
 
 
76 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4682  tRNA-Val  84.29 
 
 
78 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.8092300000000003e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0815  tRNA-Val  84.29 
 
 
76 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000696983  normal  0.877811 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4681  tRNA-Val  84.29 
 
 
76 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.95676e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1859  tRNA-Val  84.29 
 
 
76 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00131515  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5049  tRNA-Val  84.29 
 
 
76 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000603353  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5051  tRNA-Val  84.29 
 
 
76 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000673895  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5021  tRNA-Val  84.29 
 
 
76 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000079938  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4658  tRNA-Val  84.29 
 
 
76 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.127679999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4656  tRNA-Val  84.29 
 
 
78 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.90971e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2039  tRNA-Val  84.29 
 
 
76 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2554  tRNA-Val  84.29 
 
 
76 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138872  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2837  tRNA-Val  84.29 
 
 
78 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.88964e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0776  tRNA-Val  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.522118  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2555  tRNA-Val  84.29 
 
 
78 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000393303  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>