81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_R0014 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_R0014  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.167112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4328  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0024  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.540332 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0012  tRNA-Val  91.55 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.230814  normal  0.0269943 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0027  tRNA-Val  91.55 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.532393  normal  0.247414 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3590  hypothetical protein  100 
 
 		 252 bp  89.7  8e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6031  tRNA-Val  90.14 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.54533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0047  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0030  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0029  tRNA-Val  93.75 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.742373  hitchhiker  0.00208243 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14900  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0042  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153066  hitchhiker  0.00834851 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0037  tRNA-Val  93.75 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.960362  normal  0.0810888 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0026  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408746  normal  0.0924489 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0044  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00403684  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0033  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0052  tRNA-Val  95.24 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.886993  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0033  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.523176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0052  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0029  tRNA-Val  85.14 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.198673  normal  0.11041 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6005  tRNA-Val  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.859444 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0001  tRNA-Val  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.709613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0793  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0047  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.496428  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0032  tRNA-Val  94.44 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002348 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0008  tRNA-Val  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0022  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.796952  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t11  tRNA-Val  91.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.089356  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0058  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000337816  normal  0.447594 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0033  tRNA-Val  83.78 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0041  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.576244  normal  0.292589 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0045  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.106461  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0031  tRNA-Val  83.78 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0117254 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0036  tRNA-Val  83.78 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000120511 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0025  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAValVIMSS1309362  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0027  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0038  tRNA-Val  83.78 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.666126  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0040  tRNA-Val  83.78 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.90959  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAValVIMSS1309144  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0213338  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAValVIMSS1309068  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAValVIMSS1309119  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.255702  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309186  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.8123 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAValVIMSS1309272  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0039  tRNA-Val  96.55 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00107403  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0026  tRNA-Val  96.55 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0265977  hitchhiker  0.000432959 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0053  tRNA-Ala  93.94 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000600525 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0059  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412801  normal  0.045511 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAValVIMSS1309132  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0013  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.736454 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16810  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.606714  normal  0.0176901 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0044  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0054  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.282022  normal  0.126583 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0776  tRNA-Val  89.58 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.522118  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0046  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0191389  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0021  tRNA-Val  83.33 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0014  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0010  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.564067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14034  tRNA-Val  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000622318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0035  tRNA-Val  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.491254  normal  0.639036 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0001  tRNA-Val  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4309  tRNA-Val  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1359  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0049  tRNA-Val  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.890961 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0014  tRNA-Val  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.591193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0018  tRNA-Val  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0001  tRNA-Val  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.613575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0046  tRNA-Val  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.467185  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0026  tRNA-Val  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000113953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0014  tRNA-Val  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0015  tRNA-Val  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0026  tRNA-Val  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.583187  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0013  tRNA-Val  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0043  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0040  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.288253  hitchhiker  0.000507453 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0043  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0177605  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0047  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00873766  hitchhiker  0.00896999 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0015  tRNA-Val  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0605809  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0022  tRNA-Val  96.15 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.520763  normal  0.905572 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>