241 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_R0036 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_R0036  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0048  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0042  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.965777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0048  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.253759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0043  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0066  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.894934  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0047  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0051  tRNA-Val  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.472837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0026  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.445313  normal  0.0911623 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0036  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.457558 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0029  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0059  tRNA-Val  93.42 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412801  normal  0.045511 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0077  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000297609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0062  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673345  normal  0.0836086 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0067  tRNA-Val  98 
 
 		 70 bp  91.7  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0050  tRNA-Val  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717049  hitchhiker  0.0000186152 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0079  tRNA-Val  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000280112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0078  tRNA-Val  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0014  tRNA-Val  91.78 
 
 		 72 bp  89.7  9e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.509496  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0054  tRNA-Val  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.041835  normal  0.0189876 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2843  hypothetical protein  90.79 
 
 		 399 bp  87.7  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0331098  normal  0.0204354 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0046  tRNA-Val  97.92 
 
 		 68 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Val-2  tRNA-Val  90.54 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0393  tRNA-Val  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0037  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000198123  normal  0.111595 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0061  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599859  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0014  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.328994 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0010  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.564067  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0058  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000337816  normal  0.447594 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0325  tRNA-Val  91.53 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.241533  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0014  tRNA-Val  88.46 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA42  tRNA-Val  96.08 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Val-2  tRNA-Val  94 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0064  tRNA-Val  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0064  tRNA-Val  88.16 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.614158  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0065  tRNA-Val  88.16 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0014  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0032  tRNA-Val  97.73 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0037    97.73 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.458028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0033  tRNA-Val  97.73 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.42496  normal  0.471878 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0047  tRNA-Val  97.73 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.280902  normal  0.182709 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0038  tRNA-Val  97.73 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.129707  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09370  tRNA-Val  97.44 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.12642  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0037  tRNA-Val  89.83 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0025  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0254254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0023  tRNA-Val  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0696683  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0037  tRNA-Val  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104744  normal  0.385221 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0023  tRNA-Val  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00018  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000172255  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00041  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000120834  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00042  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000123332  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00043  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000135072  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0032  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121865  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0033  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0034  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000138641  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0057  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000177997  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0038  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000627564  hitchhiker  0.00122334 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0037  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000578787  hitchhiker  0.00129397 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0788  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000010379  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2609  tRNA-Val  85.71 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000718351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2652  tRNA-Val  85.71 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000608087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2676  tRNA-Val  85.71 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00067711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2039  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4681  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.95676e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5050  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5049  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000603353  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4683  tRNA-Val  85.71 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.66609e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0911  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000875601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5051  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000673895  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4682  tRNA-Val  85.71 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.8092300000000003e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2556  tRNA-Val  85.71 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000389314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2966  tRNA-Val  85.71 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.55159e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2610  tRNA-Val  85.71 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000740519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2651  tRNA-Val  85.71 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000523066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4658  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.127679999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5021  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000079938  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4656  tRNA-Val  85.71 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.90971e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2650  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000507401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2559  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000360113  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0584  tRNA-Val  85.71 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  7.67929e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1859  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00131515  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0039  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000567069  hitchhiker  0.00359795 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2555  tRNA-Val  85.71 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000393303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2554  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0776  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.522118  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2837  tRNA-Val  85.71 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.88964e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0767  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000989037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0879  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000126601  normal  0.645347 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2675  tRNA-Val  85.71 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000585827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2674  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00824453  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>