94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_R0067 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_R0067  tRNA-Val  100 
 
 		 70 bp  139  8.999999999999999e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0048  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.253759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0042  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.965777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0043  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0047  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0051  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.472837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0066  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.894934  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0048  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0046  tRNA-Val  100 
 
 		 68 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0036  tRNA-Val  98 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0014  tRNA-Val  97.87 
 
 		 72 bp  85.7  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.509496  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0026  tRNA-Val  96 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.445313  normal  0.0911623 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0036  tRNA-Val  96 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.457558 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0059  tRNA-Val  96 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412801  normal  0.045511 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  96 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0054  tRNA-Val  94 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.041835  normal  0.0189876 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2843  hypothetical protein  94 
 
 		 399 bp  75.8  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0331098  normal  0.0204354 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0029  tRNA-Val  95.65 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0077  tRNA-Val  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000297609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0062  tRNA-Val  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673345  normal  0.0836086 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0079  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000280112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0078  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0050  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717049  hitchhiker  0.0000186152 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0014  tRNA-Val  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.328994 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0014  tRNA-Val  89.8 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0061  tRNA-Val  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599859  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0037  tRNA-Val  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000198123  normal  0.111595 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09370  tRNA-Val  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.12642  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0058  tRNA-Val  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000337816  normal  0.447594 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0393  tRNA-Val  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0020  tRNA-Val  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0061  tRNA-Val  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.03181 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0064  tRNA-Val  89.36 
 
 		 78 bp  54  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.614158  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0065  tRNA-Val  89.36 
 
 		 78 bp  54  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60430  tRNA-Val  93.94 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0325  tRNA-Val  93.94 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.241533  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0064  tRNA-Val  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0014  tRNA-Val  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0016  tRNA-Val  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0010  tRNA-Val  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.564067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0059  tRNA-Val  91.67 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0053  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0069  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0543632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0036  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0038  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0032  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0035  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.309036  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0020  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0102813 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0018  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0179494 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA42  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0030  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70827  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0037  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104744  normal  0.385221 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0047  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.280902  normal  0.182709 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0038  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.129707  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0033  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.42496  normal  0.471878 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0037    100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.458028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1859  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00131515  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2039  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0084  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.150766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0086  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.211919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0020  tRNA-Val  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00000915512  hitchhiker  0.000000256884 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Val-2  tRNA-Val  88.37 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0090  tRNA-Val  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0089  tRNA-Val  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000177778  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0072  tRNA-Val  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0117931  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0915  tRNA-Val  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.118093  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0023  tRNA-Val  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0696683  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0055  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0368844  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t43  tRNA-Val  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0556993  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t28  tRNA-Val  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.199855 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00351824  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-3  tRNA-Val  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-2  tRNA-Val  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-1  tRNA-Val  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000143563  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0032  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.172004  normal  0.954091 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0014  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.109561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21800  tRNA-Val  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000344548  normal  0.0953285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24110  tRNA-Val  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000487057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0009  tRNA-Val  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748453  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0062  tRNA-Val  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0076  tRNA-Val  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t26  tRNA-Val  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  86 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0009  tRNA-Val  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000461705  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0062  tRNA-Val  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.269417  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0076  tRNA-Val  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>