76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_R0047 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_R0032  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0047  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.280902  normal  0.182709 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0033  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.42496  normal  0.471878 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0038  tRNA-Val  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.129707  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0037    98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.458028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA42  tRNA-Val  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0026  tRNA-Val  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.445313  normal  0.0911623 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0036  tRNA-Val  97.73 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0064  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192566  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09370  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.12642  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0048  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.253759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0014  tRNA-Val  88.73 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0066  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.894934  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0051  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.472837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0042  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.965777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0043  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0036  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.457558 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0048  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0047  tRNA-Val  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0065  tRNA-Val  92.59 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2843  hypothetical protein  87.01 
 
 		 399 bp  67.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0331098  normal  0.0204354 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0064  tRNA-Val  92.59 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.614158  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0054  tRNA-Val  87.01 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.041835  normal  0.0189876 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0001  tRNA-Val  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.069821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0325  tRNA-Val  89.83 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.241533  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Val-2  tRNA-Val  92 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0776  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.522118  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0002  tRNA-Val  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0850764  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0029  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0054  tRNA-Val  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16710  tRNA-Val  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.879903  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0059  tRNA-Val  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412801  normal  0.045511 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0014  tRNA-Val  96.77 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.509496  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0037  tRNA-Val  93.02 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0013  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4591  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0012  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0027  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.417259 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4569  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0425443  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0002  tRNA-Val  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0032  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0026  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309183  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.609025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309275  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.981742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0028  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0102349  hitchhiker  0.000264147 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309359  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0067  tRNA-Val  100 
 
 		 70 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.219616  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0025  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0254254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0393  tRNA-Val  94.44 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA24  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0111791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0033    100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.465257  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0017  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000664856  normal  0.0132434 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0009  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.374214 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0019  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.854123  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Val-3  tRNA-Val  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00184226  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1248  tRNA-Val  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.134542  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  88.24 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0046  tRNA-Val  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.461452  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0038  tRNA-Lys  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0046  tRNA-Val  100 
 
 		 68 bp  44.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0009  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000206186  hitchhiker  0.00000000390519 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tHis01  tRNA-His  100 
 
 		 80 bp  44.1  0.005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0026  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0211929  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000374311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0051  tRNA-Val  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000148873  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0201744  hitchhiker  0.000641347 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>