163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_R0020 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_R0020  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00000915512  hitchhiker  0.000000256884 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0915  tRNA-Val  100 
 
 		 78 bp  151  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.118093  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0004  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000000388109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0048  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0028  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0026  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1167  tRNA-Val  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0023  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0696683  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0070  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.817758 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0051  tRNA-Val  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0408927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0014  tRNA-Val  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.20827  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0033  tRNA-Val  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.166955 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0011  tRNA-Val  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0025  tRNA-Val  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000570702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0038  tRNA-Val  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000120227  normal  0.246953 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0026  tRNA-Val  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000263702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0040  tRNA-Val  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000028212  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0020  tRNA-Val  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000221319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0023  tRNA-Val  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109055  hitchhiker  0.00000350688 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0026  tRNA-Val  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00233079  normal  0.0590774 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0028  tRNA-Val  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840048 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0506  tRNA-Val  92.31 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000210489  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1639  tRNA-Val  92.31 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.42917e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0032  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0382858 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0053  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460889  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0033  tRNA-Val  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0043  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000280883  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0027  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00584836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0036  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000106131  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0015  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0394069 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0043  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0066  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.894934  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0026  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.445313  normal  0.0911623 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0051  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.472837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0047  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0048  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0048  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.253759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0042  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.965777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16710  tRNA-Val  88.89 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.879903  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0016  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0267125  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0013  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.557667  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0031  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000744729  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0029  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0325  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.241533  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0026  tRNA-Val  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.218598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0062  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673345  normal  0.0836086 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0077  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000297609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2843  hypothetical protein  85.53 
 
 		 399 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0331098  normal  0.0204354 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0054  tRNA-Val  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.041835  normal  0.0189876 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0033  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.228268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0028  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0022  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0028  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.763177  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0035  tRNA-Val  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0045  tRNA-Val  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000428882  hitchhiker  0.00000000692947 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0047  tRNA-Val  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0721509  normal  0.0848173 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0049  tRNA-Val  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0385641  normal  0.0854931 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0051  tRNA-Val  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114614  normal  0.0557031 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0053  tRNA-Val  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.113148  normal  0.0557031 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0055  tRNA-Val  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.100813  normal  0.0566569 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0021  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.713807  normal  0.0150575 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0038  tRNA-Val  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0349926  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0049  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00105958  hitchhiker  0.000875041 
 
 
-
 
NC_003295  RS02886  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.96324  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.752155  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0033  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000215711  hitchhiker  0.00721353 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2476  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0032  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000419269  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0022  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.692684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0042  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.408267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2123  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1374  tRNA-Val  85.14 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.110948 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0037  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104744  normal  0.385221 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0039  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.654664  normal  0.302741 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0021  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0415147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0100  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0050  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.260163  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0048  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.117873  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0050  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0023  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1953  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0049  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.443386 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3351  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0607256  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2318  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0283125  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2359  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1228  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0058  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.703111  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0013  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.459697  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0050  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293545  normal  0.0134461 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0036  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.429203  normal  0.313017 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-3  tRNA-Val  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382302  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0001  tRNA-Val  86.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>