125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_R0026 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_R0026  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.218598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0027  tRNA-Val  88.41 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0048  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0004  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000000388109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0045  tRNA-Val  86.96 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00029215  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0027  tRNA-Val  86.96 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna41  tRNA-Val  86.96 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0022  tRNA-Val  94.87 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.520763  normal  0.905572 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2843  hypothetical protein  85.33 
 
 		 399 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0331098  normal  0.0204354 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0054  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.041835  normal  0.0189876 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0033  tRNA-Val  91.3 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.929932 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0025  tRNA-Val  85.51 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0254254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0038  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0349926  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0035  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0915  tRNA-Val  85.53 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.118093  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0049  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.890961 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0010  tRNA-Val  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20650  tRNA-Val  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0020  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00000915512  hitchhiker  0.000000256884 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0027  tRNA-Val  92.31 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0045  tRNA-Val  92.31 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.106461  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0040  tRNA-Val  92.31 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.142714 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAValVIMSS1309068  tRNA-Val  92.31 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAValVIMSS1309119  tRNA-Val  92.31 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.255702  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309186  tRNA-Val  92.31 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.8123 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAValVIMSS1309272  tRNA-Val  92.31 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAValVIMSS1309144  tRNA-Val  92.31 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0213338  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0003  tRNA-Val  92.31 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0041  tRNA-Val  92.31 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.576244  normal  0.292589 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAValVIMSS1309362  tRNA-Val  92.31 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0025  tRNA-Val  92.31 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0020  tRNA-Gly  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.347619  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0069  tRNA-Val  86.21 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000156801  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0093  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-4  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.464554  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0051  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000353155  normal  0.0160187 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1555  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2783  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0812706  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0003  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4309  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0069  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00232154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0011  tRNA-Val  89.58 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1831  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0030  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70827  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0020  tRNA-Ala  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.536961  normal  0.2576 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0048  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.546388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0001  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.709613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0089  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.347614  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0044  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00954192  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0061  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0035  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0205002  normal  0.0343396 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0059  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0001  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2266  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248753  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0014  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.20827  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0054  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.452754 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3052  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.728072  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0001  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.613575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2650  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2705  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1539  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.051003  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0035  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.491254  normal  0.639036 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0020  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0061  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.03181 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0011  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00527391  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0039  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.867547  hitchhiker  0.000112761 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60430  tRNA-Val  88.46 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0021  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6005  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.859444 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0025  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.149964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0038  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.827791  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0061  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.700263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0041  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0018  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0061  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0041  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0784234  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna32  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna47  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.625367  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0033  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.675019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0039  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0040  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.451217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0024  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.508678  normal  0.235406 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0005  tRNA-Val  87.23 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.826199  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0055  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00352038  hitchhiker  0.00739911 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0026  tRNA-Val  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.445313  normal  0.0911623 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0014  tRNA-Val  96.3 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.509496  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0004  tRNA-Val  87.23 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_R0002  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0005  tRNA-Val  87.23 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0005  tRNA-Val  87.23 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0059  tRNA-Val  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412801  normal  0.045511 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0015  tRNA-Gly  85.45 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000158444  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0059  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0062  tRNA-Val  88 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0076  tRNA-Val  88 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0069  tRNA-Val  88 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0543632  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>