159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_R0048 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_R0048  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0004  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000000388109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0020  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00000915512  hitchhiker  0.000000256884 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0915  tRNA-Val  93.42 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.118093  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0051  tRNA-Val  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0408927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0011  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0033  tRNA-Val  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.166955 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0014  tRNA-Val  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.20827  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0035  tRNA-Val  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0038  tRNA-Val  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0349926  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R25  tRNA-Val  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00112378  normal  0.0215792 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R27  tRNA-Val  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000323391  normal  0.0212721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R36  tRNA-Val  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0036  tRNA-Val  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.429203  normal  0.313017 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-3  tRNA-Val  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382302  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0030  tRNA-Val  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000541175  normal  0.0247209 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0028  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0026  tRNA-Val  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.218598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0072  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0117931  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0089  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000177778  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0090  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0026  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0506  tRNA-Val  92.31 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000210489  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1639  tRNA-Val  92.31 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.42917e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0011  tRNA-Val  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0050  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293545  normal  0.0134461 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0032  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000419269  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0043  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000280883  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0027  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00584836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0036  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000106131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0021  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0415147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0100  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0050  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.260163  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0013  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.557667  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0046  tRNA-Val  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.31806 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0015  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0394069 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0048  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.117873  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0032  tRNA-Val  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000105255  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0049  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.443386 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0050  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0045  tRNA-Val  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000307248  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1167  tRNA-Val  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0058  tRNA-Val  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.400004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0040  tRNA-Val  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000943403  normal  0.0843805 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0016  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0267125  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0023  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0696683  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0032  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0382858 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0004  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000770056 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0031  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000744729  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0054  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.041835  normal  0.0189876 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2843  hypothetical protein  100 
 
 		 399 bp  58  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0331098  normal  0.0204354 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0047  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.530406  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0025  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000570702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0038  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000120227  normal  0.246953 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0070  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.817758 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0033  tRNA-Val  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000215711  hitchhiker  0.00721353 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0039  tRNA-Val  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000287509  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0041  tRNA-Val  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000183486  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0058  tRNA-Val  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.703111  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0052  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.599035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0026  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000263702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0040  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000028212  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0020  tRNA-Val  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0061  tRNA-Val  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.03181 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0072  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0577987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0020  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000221319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0023  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109055  hitchhiker  0.00000350688 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0026  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00233079  normal  0.0590774 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0028  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840048 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0078  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0046  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498396  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0031  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  5.03601e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0011  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560887  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0022  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0033  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.228268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0028  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.763177  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0028  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0021  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.713807  normal  0.0150575 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0042  tRNA-Val  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1859  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00131515  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2039  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0026  tRNA-Val  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.445313  normal  0.0911623 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0051  tRNA-Val  92.68 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000148873  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60430  tRNA-Val  84.06 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0022  tRNA-Val  92.5 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.520763  normal  0.905572 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0013  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0003  tRNA-Val  92.5 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0325  tRNA-Val  96.43 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.241533  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0040  tRNA-Val  92.5 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.142714 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21800  tRNA-Val  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000344548  normal  0.0953285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24110  tRNA-Val  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000487057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0046  tRNA-Val  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000479411  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0048  tRNA-Val  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000458542  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0030  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000010319  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0035  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000297756  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0051  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.163425  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>