298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_R0070 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_R0070  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.817758 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0023  tRNA-Val  97.18 
 
 		 76 bp  125  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0696683  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0053  tRNA-Val  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0026  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00233079  normal  0.0590774 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0023  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109055  hitchhiker  0.00000350688 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0020  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000221319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0028  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840048 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0025  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000570702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0038  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000120227  normal  0.246953 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0026  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000263702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0040  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000028212  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0028  tRNA-Val  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0026  tRNA-Val  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1167  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R25  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00112378  normal  0.0215792 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R27  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000323391  normal  0.0212721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R36  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0020  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00000915512  hitchhiker  0.000000256884 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0915  tRNA-Val  92.86 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.118093  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0015  tRNA-Val  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0394069 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0043  tRNA-Val  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000280883  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0036  tRNA-Val  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000106131  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-2  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0072  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0117931  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0004  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.31684 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0089  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000177778  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0090  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0027  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00584836  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Val-2  tRNA-Val  90.48 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0032  tRNA-Val  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.632823 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0031  tRNA-Val  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000744729  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-1  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000143563  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-3  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0076  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0009  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748453  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0055  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0368844  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0062  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1859  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00131515  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0009  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000461705  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2039  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0062  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673345  normal  0.0836086 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0062  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.269417  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0076  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21800  tRNA-Val  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000344548  normal  0.0953285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24110  tRNA-Val  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000487057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0077  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000297609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0050  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717049  hitchhiker  0.0000186152 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0079  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000280112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0078  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0037  tRNA-Val  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104744  normal  0.385221 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0058  tRNA-Val  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.703111  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0033  tRNA-Val  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000215711  hitchhiker  0.00721353 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1639  tRNA-Val  88.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.42917e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0506  tRNA-Val  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000210489  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0027  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0167749  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309282  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.127609 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0008  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0953331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0032  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.2035  normal  0.168105 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0037  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.344221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0051  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309290  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0021  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000106448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0034  tRNA-Ala  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000564918  normal  0.218531 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t26  tRNA-Val  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t28  tRNA-Val  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.199855 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0084  tRNA-Val  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.150766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAlaVIMSS1309140  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAAlaVIMSS1309372  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.272937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0020  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0061  tRNA-Val  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.03181 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0051  tRNA-Val  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.472837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0020  tRNA-Val  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0086  tRNA-Val  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.211919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0069  tRNA-Val  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0543632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAAlaVIMSS1309089  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0037  tRNA-Val  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000198123  normal  0.111595 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAAlaVIMSS1309204  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.72887  normal  0.842293 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0038  tRNA-Val  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0035  tRNA-Val  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.309036  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0038  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0004  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0018  tRNA-Val  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0179494 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0004  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000000388109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0032  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0020  tRNA-Val  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0102813 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0015  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAAlaVIMSS1309163  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0011  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0053  tRNA-Val  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0066  tRNA-Val  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.894934  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0042  tRNA-Val  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.965777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0003  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.897638  normal  0.0843141 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0043  tRNA-Val  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.408373 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>