66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE_tRNA-Val-2 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE_tRNA-Val-2  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0036  tRNA-Val  90.54 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0029  tRNA-Val  89.19 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0023  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0696683  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16710  tRNA-Val  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.879903  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0070  tRNA-Val  90.48 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.817758 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0053  tRNA-Val  88.57 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0059  tRNA-Val  89.19 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412801  normal  0.045511 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R25  tRNA-Val  90.16 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00112378  normal  0.0215792 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R27  tRNA-Val  90.16 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000323391  normal  0.0212721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R36  tRNA-Val  90.16 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0014  tRNA-Val  90.38 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.509496  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0026  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0042  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.965777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0028  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0043  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0072  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0117931  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0089  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000177778  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0090  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0048  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.253759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0051  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.472837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0048  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0066  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.894934  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0047  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0040  tRNA-Val  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000028212  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0025  tRNA-Val  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000570702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0026  tRNA-Val  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000263702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0028  tRNA-Val  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840048 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1167  tRNA-Val  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0038  tRNA-Val  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000120227  normal  0.246953 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0026  tRNA-Val  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00233079  normal  0.0590774 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0020  tRNA-Val  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000221319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0023  tRNA-Val  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109055  hitchhiker  0.00000350688 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0002  tRNA-Val  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0850764  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0054  tRNA-Val  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0054  tRNA-Val  86.49 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.041835  normal  0.0189876 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  85.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2843  hypothetical protein  86.49 
 
 		 399 bp  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0331098  normal  0.0204354 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.410035  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0031  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000744729  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0043  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000280883  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t01  tRNA-Val  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0313004  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0001  tRNA-Val  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.069821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14023  tRNA-Val  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0878  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0453469  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0036  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000106131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0002  tRNA-Val  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.18537  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0002  tRNA-Val  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.159605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0036  tRNA-Val  84.72 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.457558 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0015  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0394069 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0014  tRNA-Val  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.328994 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0067  tRNA-Val  88.37 
 
 		 70 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0776  tRNA-Val  88.24 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.522118  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0046  tRNA-Val  88.37 
 
 		 68 bp  46.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0048  tRNA-Val  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0072  tRNA-Val  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0577987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0078  tRNA-Val  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0052  tRNA-Val  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.599035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0046  tRNA-Val  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498396  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0031  tRNA-Val  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  5.03601e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0011  tRNA-Val  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560887  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0030  tRNA-Val  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70827  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0026  tRNA-Val  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.445313  normal  0.0911623 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0004  tRNA-Val  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000000388109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0010  tRNA-Val  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.564067  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>